Согласно записке историка искусств Алексея Андреевича Павловского, составленной в 1917 г. для российского консульства в Фессалонике, насчитывалось 14 русских келлий: великомученика Георгия в Карулиях (с 1811 г.), великомученика Георгия в Керасье (с 1857 г.), великомученика Артемия (с 1862 г.), преподобного Макария в скиту святителя Василия (с 1863 г.), апостола Иоанна Богослова (с 1867 г.), пророка Илии в Провате (с 1870 г.), Божьей Матери «В скорбех и печалех Утешение» (с 1871 г.), апостола Иоанна Богослова в Провате (с 1872 г.), Иоанна Предтечи в Провате (с 1877 г.), Святой Троицы в Карулиях (с 1877 г.), Иоанна Предтечи в Кавсокаливийском скиту (с 1889 г.), Рождества Христова в скиту святителя Василия (с 1889 г.), Рождества Пресвятой Богородицы (с 1903 г.), Иверской Божьей Матери в Карулиях (с 1905 г.). Современный вид монастыря сформировался к XVIII в. В 1990 гг. на территории Великой лавры проведены капитальные реставрационные работы, обновлена кладка стен и башен. Великая лавра имеет 34 параклиса: два встроены в кафоликон (святителя Николая и сорока Севастийских мучеников), 15 внутри монастыря (во имя преподобного Афанасия, Богородицы Кукузелиссы, преподобного Михаила Синадского, великомученика Георгия и др.), 19 параклисов вне монастыря (пророка Илии, св. Григория, св. Параскевы, Агиасма преподобного Афанасия и др.). Кафоликон, расположенный в центре монастырского двора, представляет собой сложный комплекс, результат перестроек и дополнений, произведённых в разное время, его современный вид сложился в 1814 г. П. Милонас установил несколько важных этапов строительства кафоликона. Первоначально (963 г.) это был храм типа вписанного креста с куполом на гранёном барабане, опиравшемся на четыре колонны, т.е. первый на Афоне и Балканах собор по типу константинопольской архитектуры. Позднее по воле преподобного Афанасия для нужд богослужения (ради расширения здания и создания места для певчих, как в 965 г. в монастыре Протат) были разобраны арочные заполнения боковых стен и пристроены боковые апсиды (около 1002 г.), превратившие храм в триконх. Основательные перестройки кафоликона были произведены после землетрясений 1526, 1584–1585 гг., а также при восстановлении Великой лавры в 1628 г. После работ 1814 г. новая кровля объединила экзонартекс, приделы-параклисы и наос, до того существовавшие как отдельные объёмы. Намеренное выравнивание покрытия кафоликона привело к уничтожению древней кубической формы центрального и придельных куполов. Тогда же был устроен новый лити (внутренний нартекс) за счёт разделения древнего. Форму здания с двумя параклисами и двумя нартексами, по мнению П. Милонаса, кафоликон получил, по одной версии, в 1010–1050 гг., по другой – между 1010 и 1020 гг. Параклисы находятся по сторонам лити: южный – во имя Николая Мирликийского и северный – во имя сорока Севастийских мучеников. Кафоликон Великой лавры был первым крестово-купольным собором на Афоне и Балканах, ставшим образцом для постройки храмов как на территории Святой Горы, так и за её пределами, особенно в Греции и соседних землях. Из числа древнейших украшений кафоликона сохранились бронзовые входные врата (2,84х0,95 м) константинопольского происхождения. Первоначальные росписи собора утрачены, за исключением небольшого фрагмента с изображением Николая Мирликийского (начало XIV в.).