Недалеко от Великой лавры находится пристань (арсанас), выстроенная как укрепление со сторожевой башней и двумя параклисами во имя святителя Григория, архиепископа Неокесарийского, и в честь Преображения Господня. Время их постройки исследователям точно неизвестно, предание связывает их с историей основания самой Великой лаврой. Сооружение башни исследователи относят к XII–XIV вв. Кладбищенский храм св. Апостолов расположен к юго-западу от монастыря. Построен в 1620 гг. на основе здания Х в., расписан в 1626 г. Мраморный пол датируется XII–XIII вв. Иконостас работы 1693 г. перенесён сюда из кафоликона в 1887 г. Дальше к юго-западу от усыпальницы находится параклис св. Бессребреников Космы и Дамиана, построенный, по преданию, преподобным Афанасием за одну ночь по указанию Пресвятой Богородицы, после чего прекратились демонские козни, препятствовавшие строительству Великой лавры. Росписи датируют около 1600 г., в иконостасе находится чудотворная икона бессребреников Космы и Дамиана (XVII в.). К югу от Великой лавры, недалеко от монастырского сада, расположена кафизма св. Архангелов, обычно называемая кафизмой Иоанна Кукузеля. Здесь находится пещера, в которой подвизался преподобный. В монастырском саду построена часовня во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. В течение трёх лет здесь работал садовником новомученик Тимофей Эсфигменский (ум. в 1820 г.). В Великой лавре находятся четыре чудотворные иконы Божьей Матери, с каждой из которых связано особое предание. Икона Божьей Матери «Экономисса» написана в память о явлении Богородицы преподобному Афанасию, который из-за голода, постигшего основанную им обитель, решил подвизаться в другом месте. На пути в Карею ему встретилась Пресвятая Дева и убедила вернуться в монастырь, обещав, что Сама станет экономом Великой лавры. В подтверждение своих слов Она велела Афанасию ударить посохом о камень, и из камня забил источник, сохранившийся до настоящего времени и известный как Агиасма Афанасия. С тех пор в монастыре нет должности эконома, а есть только его помощник. Список иконы, сделанный в 1578 г., находится слева от центрального входа в монастырский собор (кафоликон), на восточной стене в литийном притворе, недалеко от параклиса сорока Севастийских мучеников. На иконе изображена сидящая на престоле Божья Матерь с Младенцем и предстоящими св. Михаилом Синадским и преподобным Афанасием с моделью Великой лавры в руках. Пишут, что от иконы происходили многочисленные чудеса. Икона Божьей Матери Кукузелисса в древности находилась в кафоликоне, в 1826 г. была перенесена в одноимённый параклис близ врат обители. По преданию, икона чудесным образом прибыла в Великую лавру и оказалась в иконостасе кафоликона, около 1300 г. она была помещена над архиерейским местом. Раньше именовалась «Экономисса», своё новое название получила в память о видении Пресвятой Богородицы Иоанну Кукузелю. После того, как он пропел перед иконой акафист Богородице в субботу Акафиста, Она явилась ему во время сна со словами: «Радуйся, Иоанн! Воспевай Меня, и Я тебя не оставлю» – и вложила ему в руку золотую монету.