Около 1347 – 1348 гг. здесь для сербского царя Стефана Душана было переписано Четвероевангелие «с извода монастырского». В сербской (ресавской по орфографии) Минее служебной первой трети XV в. на сентябрь–октябрь её писец «поп Милош» оставил помету, что частично писал «с извода лаврского»; копия с этого кодекса (или с промежуточного списка), содержащая и данную приписку, была снята в первой половине XVI в. в Супрасльском монастыре. Во второй половине XV в. славянское книгописание велось в келлии св. Антония в Керасье, где работал иеромонах Гавриил, происходивший, как полагают исследователи, из Македонии. Он переписал Торжественник минейный со статьями триодного и, кроме того, сделал надписи на ряде рукописей XIV–XV вв. о принадлежности их этой келлии (помимо Торжественника это среднеболгарский Апостол второй половины XIV в., до сих пор остающийся в Керасье, и сербское пергаменное Четвероевангелие конца XIV в.). В иконостасе храма келлии есть ряд икон со славянскими надписями, в том числе житийная (с восемью клеймами) Антония Великого, на которой он изображён сидящим на троне, а над ним – Богоматерь «Ширшая небес». Славянское книгописание в скитах Великой лавры продолжалось и позднее. Известны сербский Требник, переписанный в 1607 г. в «ските лаврьском» и находившийся там, по крайней мере, до 1663 г., и Октоих, принадлежавший до Второй мировой войны сербскому монастырю Хопово. В XVIII – середине XIX в. Великая лавра (как и Афон в целом) поддерживала тесные связи с Болгарией (в особенности с юго-западной) и Македонией. В 1856 г. выдающийся представитель болгарского национального возрождения самоковский иконописец Захарий Зограф расписал фресками в стиле позднего барокко экзонартекс соборного храма (стенопись относится к числу лучших работ живописца). Появление на Афоне русских монахов относится к древнейшему периоду истории Святой Горы. Под одним из актов Великой лавры (февраль 1016 г.) стоит подпись Герасима, «монаха, милостию Божией пресвитера и игумена обители Роса». Не позднее рубежа XIV–XV вв. в Великой лавре и её владениях поселяются русские монахи. В первой трети XV в. здесь подвизался иеромонах Афанасий Русин, переписавший и отправивший на Русь ряд книг, известных по копиям. По мнению исследователей, это одно лицо с «последним во иноцех малейшим Афанасием», подарившим Великой лавре плащаницу русской работы с изображением «Положения во гроб» (монастырская ризница) – шедевр лицевого шитья первой половины XV в. Подробные описания монастыря сделаны Игнатием Смолянином (1396–1402 гг.) и Максимом Греком (1518–1519 гг.), перечень его святынь приводится в «Сказании о Святой Афонской горе», составленном приехавшими в Москву в 1560 г. игуменом Пантелеимонова монастыря Иоакимом, Ставроникитским игуменом Евфимием и экклисиархом Великой лавры Феофаном. Тесные контакты Московских государей и Великой лавры установились с начала XVI в. В 1515 г. в Москве побывали старец Мелетий из Великой лавры и духовник Ватопедского монастыря Нифонт. С Мелетием в Лавру были отправлены серебряная чаша, камчатные ризы и пелена к иконе Афанасия Афонского.