В 1584 г. в связи с кончиной сына Иоанна IV Грозного царевича Иоанна на Афон была отправлена милостыня, из которой Великой лавре было пожаловано: 350 руб. игумену Митрофану и братии (150 человек) и 26 руб. – скитникам (94 человека). Из отчёта посла Ивана Мешенина известно о существовании в лаврских скитах более 20 каменных храмов. Однако основными объектами благотворительности Московских государей были славянские монастыри – Пантелеимонов и Хиландар, а из греческих – Ватопед. В 1626 г. в Россию из Великой лавры приезжал старец Герман, в 1631 г. – архимандрит Гавриил с грамотами от Константинопольского патриарха Кирилла III Спаноса (?) и Иерусалимского патриарха Феофана III (1608–1644 гг.), в которых говорилось о больших долгах Великой лавры, вынужденной отдавать под залог свои земельные владения и церковную утварь. Он привёз в дар царю Михаилу Фёдоровичу частицу мощей великомученика Димитрия, образ Божьей Матери в серебряном окладе и «складни резные на подобие панагии», а Московскому патриарху Филарету – мощи великомученика Артемия в серебряном ковчеге и воздвизальный деревянный резной крест с изображением двунадесятых праздников. Архимандриту Гавриилу было пожаловано 130 руб., но отказано в выдаче особой жалованной грамоты и денег на выплату долга монастыря. В 1641 г. в Путивль приехал лаврский архимандрит Иосиф с просьбой о получении жалованной грамоты, изложенной в послании Иерусалимского патриарха Феофана III. Но ему была выдана только обычная сумма из путивльских доходов. Прибывший в 1645 г. в Москву из Великой лавры в составе греческой делегации старец Мелетий преподнёс царю Алексею Михайловичу икону апостола Павла и резной крест и получил «обычное жалование». Посланный патриархом Никоном на Афон Арсений (Суханов) привёз из Великой лавры 61 рукопись (1654 г.). В 1657 г. «для испрошения церковной утвари» в Москву приехал игумен Великой лавры Игнатий. В 1658 г. царём Алексеем Михайловичем была выдана жалованная грамота, разрешавшая представителям Великой лавры приезжать в Россию за милостыней каждый четвёртый год (в 1695 г. она была подтверждена царями Иоанном V и Петром I). 27 октября 1735 г. императрица Анна Иоанновна учредила Палестинские штаты – фонд, из которого Восточным патриархам и монастырям, в том числе афонским, выплачивались пособия. Указом Синода в 1742 г. была введена единообразная дача милостыни афонским монастырям: московская Синодальная контора обязывалась выдавать Великой лавре, Хиландарскому, Иверскому, Пантелеимонову, св. Павла, Зографу, Григориату, Эсфигмену, Дионисиату и Филофею ежегодно по 35 руб., и кроме этого Великой лавре причиталось по 10 руб. каждые пять лет. Если в XVIII в. из-за Русско-турецких войн эти суммы поступали нерегулярно, то в XIX в. они выплачивались аккуратно, в том числе и за прошедшие годы. Большую роль играли дары (например, напрестольное Евангелие императрицы Елизаветы Петровны (1758 г.) в драгоценном окладе весом около 30 кг), заздравные и заупокойные милостыни. В XIX в. на Афоне появляются русские келейные обители, приписанные к Великой лавре.