В начале 1680 гг. на территории Великоустюжской епархии действовало около 236 церквей, в 1686 г. – 277, в том числе 41 церковь присоединённых города Яренска и Яренского уезда, в 1730 г. – 311, в 1784 г. – 325 церквей. В 1736 г. в Великоустюжской епархии существовал 31 монастырь (28 мужских и 3 женских), в 1740 гг. – 11 монастырей (8 мужских и 3 женских) и 18 пустыней. Первым архиепископом Великоустюжским и Тотемским стал Геласий (12 марта 1682 г. – 4 октября 1684 г.), много внимания уделявший борьбе с расколом и капитоновской ересью (см. Капитон, основатель секты), которая была распространена в Сольвычегодском уезде. В 1683 г. последовал «Наказ» архиепископа Геласия сольвычегодским священникам о более внимательном наблюдении за паствой. Архиерей заботился о строительстве храмов. После кончины архиепископа Геласия Великоустюжской епархией управлял архиепископ Александр (8 февраля 1685 г. – 19 июля 1699 г.), который завершил дело по включению в состав Великоустюжской епархии Яренского уезда (ранее входившего в состав Вологодской и Вятской епархий), получил средства для строительства и содержания архиерейского дома, строил новые храмы. В 1694 г. принимал Петра I, который по пути на Белое море посетил Великий Устюг. На севере страны, где преобладал земский строй самоуправления, участие прихожан в приходских делах, в частности, в управлении церковным имуществом, было весьма велико. Оно осуществлялось через церковных старост – выборных представителей приходской общины. Первые Великоустюжские архиереи пытались установить контроль над деятельностью церковных старост. Была проведена опись церковного и часовенного хозяйства епархии, кандидаты на должность старосты стали утверждаться архиереем. Был утверждён состав управления приходом: священник, староста и «мирской человек по выбору»; причт был обязан отчитываться о приходе и расходе церковных средств (денежной и хлебной казны) перед архиерейским домом и перед прихожанами. С 1740 гг. практика проведения ревизий деятельности церковных старост, составления описи церковного имущества и его инвентаризации стала постоянной. Архиепископ Иосиф (3 марта 1700 г. – 1718 г.), занимавший Великоустюжскую кафедру в преклонных летах, оставил после себя епархию в неблагополучном состоянии. С 25 января 1719 г. по 13 января 1726 г. епархией управлял епископ Боголеп (Адамов). При нём шло восстановление храмов Великого Устюга, пострадавших во время пожара 1715 г., была начата перестройка Успенского кафедрального собора, продолжавшаяся больше десяти лет. В 1725 г. в Великом Устюге открылась архиерейская школа. По несколько лет управляли епархией епископы Лаврентий (Горка; 22 мая 1727 г. – 1731 г.), Сергий (Белоградский; 9 декабря 1731 г. – 6 октября 1735 г.). Епископ Лука (Коношевич; 28 сентября 1737 г. – 9 марта 1738 г.) основал в Великом Устюге семинарию. Епископ Гавриил (Русской; 9 марта 1738 г. – 28 февраля 1748 г.) много внимания уделял церковному благочинию, заказал в Москве копию чудотворного образа Благовещения Пресвятой Богородице, увезённого, как считалось, царём Иваном IV Грозным в московский Успенский Собор (в XVIII в. икону ошибочно отождествляли с Устюжской иконой Божьей Матери). Копия в 1747 г. была поставлена в Успенском соборе в Великом Устюге.