После этого посольство Филарета и Голицына отправилось «от всей земли русской» в стан Сигизмунда III просить его дать в русские цари своего сына Владислава IV на условиях договора, заключенного с Жолкевским. Послы обязаны были всеми средствами добиваться, чтобы будущий царь принял православную веру. Через некоторое время к ним пришла грамота от бояр, в которой предписывалось во всем положиться на королевскую волю. Но послы заявили, что грамота от одних бояр для них не действительна, поскольку их посылал патриарх, бояре и все люди вместе, а не одни бояре. Когда же на переговорах встал вопрос о пропуске польского войска в Москву, Гермоген резко воспротивился появлению в столице вооруженных иноземцев и так яростно начал призывать других к сопротивлению этому роковому решению, что один из бояр (кн. Ф.И. Мстиславский) даже бросил ему со злостью: «Твое дело, святейший отче, смотреть за церковными делами, а в мирские тебе не следует вмешиваться!» Когда и паны сказали, что патриарх – лицо духовное и в светские дела вступаться не должен, то получили в ответ: «Изначала у нас так повелось: если великие государственные или земские дела начнутся, то великие государи призывали к себе на Собор патриархов, архиепископов и епископов и без их совета ничего не приговаривали, и место сделано патриархам с государями рядом; теперь же мы стали безгосударны, и патриарх у нас человек начальный». Вскоре Жолкевского сменил А. Гонсевский. Однако пока все население Московского государства избирало себе в государи сына Сигизмунда, тот требовал сдачи Смоленска, а польское войско постоянно обстреливало из пушек этот русский город, где ежедневно гибли люди. Когда московские послы на требование короля сдать ему Смоленск отвечали, что у них нет на то полномочий, в Москве преданные Сигизмунду III бояре, М. Салтыков и Ф. Андронов, «нахально объявляли патриарху и боярам, что следует во всем положиться на королевскую волю». Действия короля и его прислужников возмущали патриарха и П.П. Ляпунова, который к тому времени встал уже во главе стихийного народного движения против поляков и литовцев. Он написал в Москву боярам укоризненное письмо и потребовал, чтобы они объяснили, когда прибудет королевич и почему нарушается договор, подписанный Жолкевским. Это послание бояре переправили Сигизмунду, а Гонсевский, зная, что с Ляпуновым нельзя играть в прятки, обратился к патриарху, чтобы тот дал этому человеку выговор. Но Гермоген понимал, к каким последствиям это может привести, и отказался наотрез. 5 декабря 1610 г. к патриарху явились бояре во главе с Ф.И. Мстиславским, которые принесли грамоту к своим послам под Смоленск. Суть ее сводилась к тому, чтобы делать то, что скажет король. Попросив, чтобы Гермоген поставил под ней свою подпись, они потребовали, чтобы патриарх угомонил Ляпунова своею властью. Гермоген же ответил на это: «Пусть король даст своего сына на московское государство и выведет своих людей из Москвы, а королевич пусть примет греческую веру. Если вы напишите такое письмо, то я к нему свою руку приложу. А чтобы так писать, что нам всем положиться на королевскую волю, то я этого никогда не сделаю, и другим не приказываю так делать. Если же меня не послушаете, то я наложу на вас клятву. Явное дело, что после такого письма нам придется целовать крест польскому королю. Скажу вам прямо: буду писать по городам – если королевич примет греческую веру и воцарится над нами, я им подам благословение; если же воцарится, да не будет с нами единой веры, и людей королевских из города не выведут, то я всех тех, которые ему крест целовали, благословлю идти на Москву и страдать до смерти». Бояре горячо возражали патриарху, и в пылу спора М. Салтыков-Кривой замахнулся на Гермогена ножом. «Я не боюсь твоего ножа, – твердо проговорил патриарх. – Я вооружусь против ножа силою креста святого. Будь ты проклят от нашего смирения в сем веке и в будущем!»