Уже наутро он приказал московскому люду собраться в соборной церкви и слушать его слово. Когда Гонсевскому донесли об этом, он приказал окружить храм и не пропускать туда никого. Однако многие из русских, видимо, предвидя такой оборот, заранее пришли в церковь и услышали проповедь своего архипастыря, в которой Гермоген уговаривал их стоять за православную веру и разнести весть о своей решимости по русским городам и весям. После такой проповеди к патриарху приставили стражу. Ляпунов, узнав об этом, немедленно написал боярам письмо, в котором укорял их и короля в том, что тот не соблюдает крестного целования, и пригрозил: «Так знайте же, я сослался уже с северскими и украинными городами; целуем крест на том, чтобы со всею землею стоять за московское государство и биться насмерть с поляками и литовцами». А в начале марта 1611 г. Ляпунов уже начал приводить в жизнь свою угрозу и продвигался к Москве, соединяясь в пути с ополчениями из других городов. В Москве поляки и литовцы сразу же почувствовали перемену в настроениях горожан, которые уже не боялись открыто проявлять свое отношение к интервентам. Перед Страстной неделей поляки через своих лазутчиков узнали, что народное ополчение приближается к Москве, а Салтыков, по приказу Гонсевского, вместе с прочими боярами явился к Гермогену и сказал: «Ты писал по городам; видишь, идут на Москву. Отпиши же им, чтобы не ходили». На что патриарх ответил: «Если вы, изменники, и с вами все королевские люди выйдете из Москвы вон, тогда отпишу, чтобы они воротились назад. А не выйдете, так я, смиренный, отпишу им, чтобы они совершили начатое непременно. Истинная вера попирается от еретиков и от вас изменников; Москве приходит paзopeниe, святым Божиим церквам запустение; костел латины устроили на дворе Бориса. Не могу слышать латинского пения!..» «Если ты, – перебил его М. Салтыков, – не напишешь Ляпунову и его товарищам, чтобы они отошли прочь, то сам умрешь злою смертью». «Вы мне обещаете злую смерть, – отвечал Гермоген, – а я надеюсь чрез нее получить венец и давно желаю пострадать за правду. Не буду писать – я вам уже сказал, и более от меня ни слова не услышите!» Тогда Гермогена посадили в Чудов монастырь, запретив ему покидать свою келью, плохо содержали и неуважительно относились к его сану. После убийства П. Ляпунова (1611 г.), организованного атаманом И. Заруцким, ополчение, хотя все еще и находилось под Москвой, но состояло в основном из казаков, верных Заруцкому, и тот, ничтоже сумняшеся, провозгласил будущим царем сына Лжедмитрия I и Марины Мнишек. Однако Гермоген, несмотря на свое строгое заключение, сумел тайком от поляков переслать грамоту в Нижний Новгород, в которой призывал жителей русских городов ни в коем случае не признавать царем сына самозванца и католички. Эта грамота, по его приказанию, была размножена и разослана по разным городам и в значительной степени повлияла на подготовку второго ополчения. Переговоры с Владиславом кончились неудачей, и в апреле 1611 г. русские послы были отведены пленниками в Мариенбург. В 1612 г., когда поляки узнали, что в Нижнем Новгороде по воззванию К. Минина собирается новая земская рать, то потребовали от патриарха, чтобы тот написал обращение к нижегородцам и приказал им оставаться верными присяге Владиславу, на что Гермоген резко и твердо ответил: «Да будет над ними милость от Бога и благословение от нашего смирения. А на изменников да излиется гнев Божий и да будут они прокляты в сем веке и в будущем!» За это интервенты уморили его голодом, и 17 февраля патриарх скончался. Поляки в 1612 г. арестовали русское посольство в Смоленске с митрополитом Филаретом, который пробыл в Польше целых семь лет.