При посредничестве архиепископа Арсения Елассонского, сопровождавшего патриарха, Борису Годунову удалось сыграть на сложных обстоятельствах, вызванных тяжелым положением константинопольской патриархии под турецким владычеством, и надеждах Византийской церкви на финансовую и военную помощь Москвы. Царь Федор Иванович даже предложил самому Иеремии возглавить Русскую церковь, например, патриарший центр во Владимире, но Иеремия отказался. На самом деле, однако, иметь патриархом грека русские не хотели, и 26 января 1589 г. первым русским патриархом стал ИОВ (1589–1605 гг., в миру Иоанн). Он родился во второй четверти XVI в. в городе Старице, Тверского края, в семье посадских людей. Еще отроком Иоанн знал многие библейские тексты наизусть и стремился к монашеству, но отец настаивал на его женитьбе. Иоанн попросился на исповедь к своему духовнику в Старицкий Успенский монастырь, где сразу же принял постриг с именем Иов. Пятнадцать лет провел он в обители, став, в конце концов, ее настоятелем. В 1566 г. Старица стала опричной резиденцией Ивана IV Грозного (1548–1584 гг.), который после «перебора людишек» содействовал получению Иовом места настоятеля монастыря. В 1571 г. Иов был переведен в Москву и назначен настоятелем Симонова монастыря, а в 1575 г. стал настоятелем Новоспасского монастыря. Он участвовал в деятельности Собора 1580 г. в Москве, где решался вопрос о монастырских вотчинах. В 1581 г. Иов был поставлен епископом Коломенским. Человек средних способностей, но лично преданный Борису Годунову, он обращал на себя внимание тем, что мог выразительно читать наизусть длиннейшие молитвы. При царе Федоре Ивановиче, когда фактическим правителем был Борис Годунов, Иов в 1586 г. стал ростовским архиепископом и в том же году – всероссийским митрополитом в Москве. В 1587 г. Собор епископов возводит его на кафедру митрополитов Московских и всея Руси, а в 1589 г. Иов «учинен святейшим патриархом всея Руси». С переходом митрополита в патриархи четыре архиерея были возвышены в сан митрополитов – Новгородский, Казанский, Ростовский и Крутицкий; было открыто еще восемь епархий. Однако, став патриархами, русские митрополиты не приобрели новых прав управления церковью, поскольку они и до этого имели патриаршие права. Но этот сан возвеличивал Русскую церковь, ставил ее уже юридически вровень с другими православными церквами. Это был практический шаг по реализации доктрины «Москва – Третий Рим», которая стала идейной основой признания православным Востоком церковной автокефалии Московской Руси и возведения предстоятеля Русской церкви в патриаршее достоинство. Возвратившись с богатыми дарами в Константинополь, Иеремия дважды (в 1590 и 1593 гг.) созывал церковные Соборы с участием других восточных патриархов – антиохийского Иоакима  V (1581–1592 гг.) и иерусалимского Софрония V (1579–1608 гг.), которые подтвердили хрисовул (патриаршую грамоту) об утверждении в Москве патриаршества. На Соборе 1593 г. к ним (за это время на антиохийском престоле Иоакима V Дау сменил Иоаким VI ибн Зияд; 1593–1604 гг.) присоединился александрийский патриарх Мелетий I Пигас (1590–1601 гг.), ранее бывший противником российского патриаршества. Теперь же он заявил, что московская митрополия по праву должна быть патриархией, поскольку Русь стала царством. Тем не менее, претензии Москвы на третье место во вселенской православной иерархии были отклонены, и патриарху Иову дали пятое место после четырех «древних» патриархов. Поставлялся патриарх Собором епископов русской церкви. Поставление происходило таким образом.