Он родился около 1530 г. О его молодых годах известно немного: польский военачальник А. Гонсевский располагал письменным свидетельством о нем, взятым у одного московского священника, по словам которого в молодости Гермоген был «в казаках донских». Впервые упоминается как священнослужитель уже в 50-летнем возрасте в качестве попа одной из казанских церквей, затем постригся там же в монахи и стал архимандритом Спасо-Преображенского монастыря в Казани. Это был человек от природы грубый, даже жестокий, но строгий к себе, прямолинейный и стойкий. По словам современников, Гермоген был «словесен и хитроречив, но не сладкогласен», «нравом груб», «прекрут в словесех и возрениях». С введением в России патриаршества (1589 г.) он был послан в сане архиепископа руководить Казанский епархией. Активный проводник политики насильственной христианизации нерусского населения Поволжья, «Гермоген заявил себя ревностью к православию». В казанской земле были крещеные инородцы, только по имени считавшиеся христианами. Гермоген собирал и призывал таких православных к себе для поучения, но его поучения не действовали, и митрополит в 1593 г. обратился к правительству с просьбой принять со своей стороны к этому понудительные меры. Вместе с тем, его возмущало еще и то, что в Казани стали строить мечети, тогда как в продолжение сорока лет после завоевания Казани там не было ни одной татарской мечети. В результате жалоб Гермогена было приказано «собрать со всего Казанского уезда новокрещенных, населить ими слободу, устроить церковь, поставить над слободой начальником надежного боярского сына и смотреть накрепко, чтобы новокрещенные соблюдали православные обряды, держали посты, крестили своих пленниц немецких и слушали бы от митрополита поучения, а непокорных следовало сажать в тюрьму, держать в цепях и бить». С воцарением Лжедмитрия I (1605 г.) был учрежден сенат, в котором должно было заседать и высшее духовенство. Гермоген стал членом этого сената и был приглашен в Москву. Он последовательно выражал интересы Русской православной церкви, понимая, что ее могущество невозможно без поддержки царской власти. Гермоген требовал вторичного крещения польской «девки» – Марины Мнишек, чем вызвал недовольство Лжедмитрия I, и тот выслал Гермогена из Москвы в его епархию, приказав заключить его в один из местных монастырей. Взойдя на престол после убийства Лжедмитрия I (1606 г.) царь Василий Шуйский, опасаясь находившегося в Москве митрополита Филарета (Ф.Н. Романова), который, предположительно, уже готовился занять патриарший престол, отослал его на митрополичью кафедру в Ростов, а верным ему святителям приказал рукоположить в патриархи Гермогена, вызванного из Казани. Но уже вскоре отношения между ними совершенно испортились, поскольку «Гермоген был человек чрезвычайно упрямый, жесткий, грубый, неуживчивый, притом слушал наушников и доверял им». Хотя Гермоген был не в ладах с царем Василием Шуйским, но стоял за него как за царя венчанного. Находясь постоянно в столкновениях с царем, он, однако, не только не подавал руки его многочисленным врагам, но всегда защищал Шуйского. Строгий приверженец формы и обряда, Гермоген уважал в нем лицо, которое, какими бы путями ни достигло престола, но уже было освящено царским венцом и помазанием. Когда появился второй Лжедмитрий, и народ стал волноваться, Гермоген перенес царевича Дмитрия из Углича в Москву и устроил торжественную покаянную процессию в Москве, в присутствии вызванного из Старицы ослепшего патриарха Иова. Народ каялся в изменах, клятвопреступлениях, убийствах, и патриархи отпустили ему грехи. Подчиненные Гермогена тоже его не любили: он был чересчур строгим человеком. Но при всем том это был человек прямой, честный, непоколебимый, свято служивший своим убеждениям, а не личным выгодам.