В период гражданской войны (1606–1607 гг.) Гермоген мобилизовал силы церкви для борьбы с восставшими против центральной власти, которых объявил еретиками и отлучил от церкви. На Масляной неделе, 17 февраля 1609 г., рязанский дворянин Г. Сумбулов, князь Р. Гагарин и Т. Грязной собрали около 300 человек заговорщиков и потребовали от бояр свержения Шуйского. Однако бояре попрятались по своим дворам, и лишь князь В.В. Голицын вышел на Красную площадь. Заговорщики силой выволокли Гермогена на Лобное место, требуя, чтобы он поддержал низложение Шуйского, но патриарх, хотя и не любил царя, зная, как тот получил престол, «тем не менее непоколебимо стоял за него, как за единственную власть, поддерживающую еще порядок в Государстве, и не поддался на застращивание заговорщиков, которые, отпустив его, двинулись затем во дворец». Не добившись от царя добровольного отречения и видя, что народ не поддерживает их, заговорщики бежали к Лжедмитрию II в Тушино. Гермоген послал им вслед в лагерь самозванца две грамоты к ним и другим русским людям, находившихся там, чтобы они раскаялись и вернулись под власть царя Василия Шуйского, который-де их простит. Во время низложения Василия Шуйского (в 1610 г.) Гермоген заступался за него, проклинал З. Ляпунова и его сторонников, фактически отстранивших царя от власти, и не признавал насильственного пострижения царя, т.к. оно не могло освящаться даже и в результате правильно совершенного над ним обряда. Когда Шуйский уже находился под стражей в Чудовом монастыре, Гермоген не переставал настаивать на возвращении ему престола, попросту игнорировал обстоятельства, делавшие тогда такой шаг совершенно невозможным; для него существовала лишь святость соблюдения религиозной формы. Увидев, что его усилия тщетны, и на престол уже появились многочисленные претенденты, Гермоген противопоставил притязаниям на царскую корону князя В.В. Голицына кандидатуру М.Ф. Романова. Но в это время большинство склонялось на сторону польского королевича Владислава IV. Гермоген согласился на желание большинства, но с тем, чтобы Владислав перешел в православную веру. Однако Жолкевский не стал дожидаться, когда московские послы уговорят польского короля Сигизмунда III переменить веру его сына, поскольку точно знал, что этого никогда не произойдет, и начал движение к столице. Когда он уже стоял под Москвой, а «Семибоярщина» все еще пыталась уговорить патриарха не настаивать на православном крещении королевича, гетман, наконец, дал понять московским боярам, что его терпение не беспредельное. Польское войско вошло в Москву, несмотря на ропот, возбуждаемый патриархом. Жолкевский, зная его крутой нрав, сначала не поехал к нему, ограничившись вежливыми и почтительными письмами, с уверениями в своем уважении к православию. Некоторое время спустя он все же прибыл к нему на подворье и так ловко вел себя, что суровый святитель вынужден был обращаться с ним вежливо, хотя и без тени дружелюбия: «Не было на свете латинника, с которым бы мог сойтись строгий архипастырь». На верность Владиславу IV 17 августа присягнуло 10 тыс. человек. На следующий день присяга продолжилась в московском Успенском соборе в присутствии Гермогена. Сюда же прибыли из-под Смоленска и русские тушинцы во главе с М. Салтыковым, князем В. Мосальским-Рубцом и М. Молчановым, которые «почали служить преж всех королю… Патриарх же их не благословляше». Гермоген освободил русских от присяги Владиславу и стал призывать народ на защиту государства и православия. Патриарх, верный своему желанию признать Владислава IV московским царем лишь после принятия им православной веры, написал королю письмо. Перепуганные московские власти составили договор, стараясь, все-таки, по возможности, оградить православную веру, и пошли просить благословения у патриарха, но тот стоял на своем: «Если вы не помышляете нарушить православную веру, да пребудет над вами благословение, а иначе: пусть на вас ляжет проклятие четырех патриархов и нашего смирения; и примете вы месть от Бога, наравне с еретиками и богоотступниками!»