Однако ересь, посеянная Несторием, не умерла вместе с ним. Не все сирийские и месопотамские епископы согласились с исповеданием Антиохийского собора. Поскольку в византийских владениях несториане подвергались гонениям, они нашли убежище в персидской части Месопотамии. Находясь в ссылке, Несторий успел написать апологию, подписав её именем Гераклида Дамасского, чтобы уберечь от сожжения. Её смысл – опровержение кирилловского тезиса о «единой природе» Христа. Это сочинение, ещё известное византийскому историку и богослову Евагрию Схоластику (537–594 гг.), не сохранилось в оригинале, но в 539–540 гг. было переведено в Персии на сирийский язык и осталось в традиции Ассирийской церкви Востока. В империи же дальнейший ход событий привёл к соглашению с Кириллом Александрийским, в результате этого Эфесский собор был признан Третьим Вселенским, а осуждение Нестория – утверждено. Однако несторианство среди персидских христиан оказалось без соперников и на большом Соборе в Ктезифоне в 499 г. было провозглашено в качестве официальной религии; было объявлено и об отделении персидской церкви от греко-римской империи. Во главе несторианства встал католикос. Разрыв с греческой церковью успокоил персидское правительство, и его отношение к христианам стало лучше. Христианские общины, имевшие там своим центром место, в котором Библия помещает рай, достигли цветущего материального положения, развивали просвещение. Их Нисибийская школа разработала богословие, дала приют риторике, диалектике и даже медицине. Образованные христиане, в особенности те, которые знали искусство врачевания, служили при дворе и стояли в первых рядах правящего класса. При императоре Маврикии (582–602 гг.) во главе персидского посольства были несторианские епископы (исследователи утверждают, что пророк Мухаммад познакомился именно с этой ветвью христианства). Когда в VII в. на место персов пришли арабы, несториане ничего не потеряли. Они занимали высшие государственные должности, места провинциальных администраторов, служили при дворах эмиров и халифов. С VIII в., после перенесения халифами резиденции из Дамаска в Багдад, несториане становятся во главе расцветавшего арабского просвещения; переводят греческих авторов на арабский язык, собирают древние рукописи, путешествуют с учёными целями по разным странам. В то же время собственные несторианские школы  поднимаются на небывалую высоту (вместе с богословием здесь изучаются гуманитарные науки). Несториане были знатоками всех языков, на которых тогда говорило разноплеменное население халифата. В пору общего упадка они создали и поддерживали единственный очаг просвещения в мире. Богатая, просвещённая церковь развила обширную пропаганду в пределах влияния халифата, а также за её пределами, в Средней Азии, Китае, Индии, Аравии. Одно из монгольских племён Средней Азии было обращено в христианство целиком и образовало несторианское государство, существовавшее до XIV в. К XIII в. несторианский католикос имел под своей властью 25 митрополий и около 150 епископий. Однако с этого века начинается и упадок. Монголы разгромили халифат, а с ним и несторианскую церковь. В пределах Халдеи она держалась до второй половины XIV в. Нашествие Тимура (1336–1405 гг.) потрясло всю Переднюю Азию. Полудикие полчища всё сметали на своём пути. Спасение нашли только те из несториан, которые ушли в недоступные горы Курдистана. С начала XVI в. несториане стали селиться в Сирии и Месопотамии и приняли турецкое подданство. Часть их осталась в пределах территории Урмийского и Ванского озёр. Турецкое иго заставило несториан рано искать покровительство Запада. В середине XV в. кипрские несториане присоединились к католической церкви, а середине XVI в. то же самое сделали месопотамские несториане, имеющие во главе патриарха, живущего в Мосуле. Прошлому остались верны только несториане Курдистана, именующие себя сиро-халдеями. Места священников у них передаются по наследству. Богослужебно-обрядовая сторона напоминает греко-восточную церковь. Но здесь дозволен брак не только священникам, но и епископам. Несториане в Индии получили название фомитов (по имени своего учителя Фомы). См. также Несторианство, Несториане