Тем не менее, Собор открылся и принял то решение, ради которого и созывался. Между тем в Эфес прибыли сирийские епископы, которые не только не признали решение Собора, но открыли свой Собор, который, в свою очередь, низложил Кирилла и содействовавшего ему эфесского епископа Мемнона, а прочих участников Собора отлучил от церкви. Вскоре приехали и легаты из Рима, от папы Целестина I. Разобравшись в доводах сторон, они присоединились к Кириллу, после чего Собор отлучил от церковного общения главу антиохийской делегации со всеми сирийскими епископами. Император, получив отчёт о событиях в Эфесе, утвердил низложение Кирилла, Мемнона и Нестория. Видя, что пожар церковной смуты усиливается с каждым днём, Феодосий велел взять под стражу и Кирилла, и Нестория, а остальным епископам соединиться и найти какое-либо примиряющее решение. Но примирение не состоялось. Узнав о заключении Кирилла, монахи константинопольских монастырей с пением псалмов, с горящими светильниками и при многочисленном стечении народа отправились ко дворцу императора и стали просить Феодосия, чтобы тот освободил Кирилла и подтвердил определения Собора относительно Нестория. Эта демонстрация произвела на императора сильное впечатление, и с этого времени он стал решительно поддерживать православных епископов. Кирилл бежал в Александрию, а Несторий подал прошение об увольнении обратно в Евпрепиев монастырь. Прошение было удовлетворено: низложенного Нестория отправили обратно в его антиохийский монастырь, а на его место поставили архиепископом Максимилиана (431–434 гг.). Прочим епископам император предписал вернуться в свои епархии. Сирийские епископы, после отъезда из Константинополя, собрали в Антиохии поместный Собор, на котором было выработано более точное исповедание веры. В нём говорилось, что Господь Иисус Христос – совершенный Бог и совершенный человек и что на основании неслитного в Нём единения Божества и человечества Пресвятая Дева Мария может быть названа Богородицей. Кирилл, когда ему переслали это исповедание, нашёл его православным и подписался под ним. Таким образом, церковный мир был восстановлен, но судьба Нестория после его низложения была печальной. Вначале его заключение в монастыре близ Анитохии было прикрыто знаками почтения. В марте 432 г. папа Целестин I потребовал от Феодосия II удалить Нестория из окрестностей Антиохии, но это требование было проигнорировано. Однако в 435 г. Иоанн Антиохийский написал в столицу, что Несторий настаивает на своём богохульстве и многих совращает от веры. Вследствие этого был издан указ императора (от 30 июля 435 г., по настоянию Пульхерии), чтобы все книги ересиарха были сожжены, а все собрания несториан – закрыты. Самого Нестория приговорили к ссылке сначала в уединённый город на границе с Аравией (в Петру Аравийскую), а потом в Великий оазис на самом краю Ливийской пустыни. Это место, окружённое океаном раскалённых песков, обычно служило местом заключения для опасных государственных преступников. Спустя несколько лет на оазис совершили набег кочевники. Несторий был захвачен в плен, но потом отпущен, как ни на что не годный старик. С трудом он добрался до византийских владений и сдался приграничному чиновнику (губернатору египетской Фиваиды), ища у него прибежища от возможной расправы со стороны фанатичных местных монахов. Власть постоянно меняла место ссылки, и чиновник был очень обеспокоен грузом свалившейся на него ответственности, старался не спускать с Нестория глаз и постоянно перевозил его с собой с места на место. Утомлённый скитаниями, Несторий однажды упал с лошади и сильно ушиб себе бок. В месте ушиба началась гангрена, и он умер в сильнейших мучениях.