Многие современники осудили Нестория за эту смуту, а Кассиан Римлянин (около 360 – около 435 гг.), один из основателей монашества в Галлии, иронически писал: «Несторий заблаговременно принял меры, чтобы не существовало на свете других ересей, кроме его собственной». Аристократия столицы была взбудоражена, опасаясь вмешательства стоящих под Константинополем воинских частей, состоявших в основном из ариан-готов. Следующим этапом его реформ была попытка упорядочить монашескую жизнь в столичной епархии. Несторий находил ненормальной активную вовлечённость монахов в светскую жизнь города, их связи с двором, сформировавшие своего рода «монашескую партию», фактически возглавляемую Пульхерией и неподконтрольную церковному руководству. Архиепископ запретил монахам без необходимости покидать монастыри, что не могло не вызвать недовольства. Противодействие Нестория деятельности разного рода развлекательных заведений, в которых он видел соблазн для своей паствы, также вызвало негодование. Напряжённость в отношениях с сестрой императора перерастала в открытый конфликт: Несторий отказал ей в праве причащаться одновременно с императором и распорядился возвратить подаренное ею покрывало с главного престола константинопольского собора. Новый архиепископ во многом оказался прямой противоположностью своему предшественнику. Человек гордый и тщеславный, Несторий часто посещал императорский дворец и вскоре сделался настоящим царедворцем: любил пышность, почести и вошёл в полное доверие к императору. Он нравился также императрице Евдокии, и только Пульхерия, которая в те годы фактически правила империей, отнеслась к нему настороженно. Новый архиепископ увидел, что в Константинополе многие сбиваются на аполлинаризм (учение Аполлинария Младшего; около 310 – около 390 гг.), другие – на арианство. У аполлинариев это отчасти выражалось наименованием Девы Марии Богородицей, у ариан – Человекородицей. Дело в том, что итогом богословских споров IV в. стало признание догмата, гласящего, что во Христе совершилось единение Бога и человека, однако оставалось неясным, как должно понимать единство Богочеловека. Возникал вопрос: когда Дева Мария родила Богочеловека, то кого, собственно, она родила – человека или Бога? И если она родила и того, и другого, то в каком отношении находились между собой два естества – божеское и человеческое? Никейский собор 325 г. определил догмат Пресвятой Троицы и единосущность Трёх Божественных Лиц, но относительно тайны Боговоплощения он не входил в подробное и обстоятельное обсуждение. Поэтому Никейский Символ веры таил в себе много частных вопросов, которые Никейский собор не счёл нужным поднимать. В его Символе веры об этом было сказано только то, что «Иисус Христос, единородный Сын Божий, сошёл с неба для нашего спасения, воплотился, и вочеловечился, и пострадал, был погребён и воскрес в третий день». Неясность в этом важном вероопределении и стала причиной появления несторианства. Еретические взгляды Нестория открылись совершенно неожиданно. Однажды один из близких сторонников Нестория, пресвитер Анастасий, говорил поучение к народу в его присутствии и заявил, что Марию нельзя называть Богородицей, «ибо Мария была человек, а от человека Богу родиться невозможно». Эти слова устрашили многих, поскольку противоречили вере и учению Константинопольской церкви, поднялся сильный шум. Архиепископ встал со своего места и сказал: «Анастасий прав: не нужно больше называть Марию Матерью Божьей, Богородицей; она мать только человека, Человекородица». В течение нескольких дней в Константинополе только и было разговоров, что об учении, которое проповедовал новый архиепископ. Много спорили об этом и при дворе. Император не знал, как ему поступить. Несторию было велено объясниться перед собранием народа. Спорившие партии призывали его рассудить их, и архиепископ согласился, но отложил своё выступление до 25 декабря, праздника Рождества Христова: более удобного времени для изложения догмата нельзя было выбрать. 25 декабря весь город отправился в собор.