Некоторые подобные кресты воспринимаются как переходная форма – с подножием в виде очень короткой перекладины, параллельной верхней и средней горизонтальным перекладинам, это так называемый нащокинский крест, святыня боярского рода Нащокиных, предположительно новгородской работы последней трети XV – начала XVI вв. (Спасо-Преображенский Валаамский монастырь). Он восьмиконечный, но с небольшим подножием, параллельным верхней и средней балкам, т.е. по форме близок к древнейшим крестам-ставротекам и напрестольному кресту Евфросинии Полоцкой, Новгородского епископа Антония (местонахождение исследователям неизвестно). Ирина Анатольевна Стерлигова считает, что нащокинский крест был выполнен греческим мастером или по образцу греческих крестов. Как правило, древнейшие кресты покрыты сканым серебряным окладом, имеют небольшое Распятие или фигуру распятого Христа в центре, например, псковский напрестольный крест 1521 г. (Псковский историко-архитектурный музей). Однако исследователи встречают и напрестольные кресты с нижней перекладиной, параллельной средней и верхней, например, новгородские кресты середины XVI в. (Псковский историко-архитектурный музей), 1553 г. (Псковский историко-архитектурный музей), конца XVI – начала XVII вв. (Псковский историко-архитектурный музей), 1617/1618 г. (Псковский историко-архитектурный музей). Их форма повторяет форму древнейших новгородских крестов, по мнению Валерия Викторовича Игошева, поклонных, таких, как крест преподобного Саввы Вишерского и крест из церкви Воскресения на Красном поле. В позднем Средневековье формы напрестольных крестов усложнялись и развивались. В богато украшенных русских напрестольных крестах нижняя часть вертикальной балки ниже подножия (параллельного или скошенного) могла восприниматься как ручка. В этой зоне заканчивались область орнаментирования и жемчужная окантовка, как на вяжищском кресте 1553 г. На оборотной стороне в этом месте располагали вкладную надпись. Для русских напрестольных крестов позднего Средневековья характерна нарастающая изобразительность и максимальное использование драгоценных камней. На смену скани как главной декоративной техники обработки металлической поверхности с середины XVII в. приходят чеканка, гравировка, эмаль, в том числе расписная. Делается всё больше золотых напрестольных крестов уже не только по царскому заказу. Изображение Распятия могло быть литым, накладным или гравированным и различаться отдельными элементами композиции, включать литые полуфигуры предстоящих Богоматери и апостола Иоанна Богослова, расположенные на концах средней перекладины, образ Нерукотворного Спаса в возглавии, как на большинстве новгородских напрестольных крестов позднего Средневековья. Кресты, созданные по заказам монастырских властей в регионах, стремились уподобить столичным образцам, например, новгородский напрестольный крест из софийского собора (середина XVI в., 34,8×17,5 см) или новгородской работы напрестольный крест, вложенный в Соловецкий монастырь старцами Исааком Шаховым и Даниилом Жданьским в 1560/1561 г., который повторял, как полагают исследователи, убор золотого напрестольного креста, являвшегося вкладом царя Ивана IV Васильевича Грозного в тот же монастырь (1560/1561 г., 40×19 см). Золотые напрестольные  кресты создавались по заказу царей Фёдора Ивановича и Бориса Годунова для Успенского собора и Чудова монастыря Московского Кремля (1593/1594 и 1598/1599 гг., 34,3×16,7 см, 35,3×17,2 см).