Но в отличие от приговора 1490 г. ответ 1503 г. не заключительные решения Собора, а всего лишь информация о ходе прений, т.е. о состязательной части Собора, к тому же излагающая точку зрения лишь одной стороны, «священства», одержавшего победу над «царством» и отстоявшего неотчуждаемость церковных и монастырских имуществ. Однако работа Собора ограничилась прениями, никакого решения принято не было, чем и объясняется отсутствие информации о нём в официальных памятниках, в летописании. Память о Соборе 1503 г. сохранялась ещё в 1551 г., когда опальный митрополит Иоасаф, проживавший в Троице-Сергиевом монастыре, рекомендовал Стоглавому Собору (в связи со статьёй о вдовых священниках) включить в его решения запись о составе Собора 1503 г., который был весьма авторитетным и представительным: «Многих монастырей честные архимадриты и игумены, и старцы многие, тех же монастырей пустынники, которые житием были Богу угодны и Святое Писание известно разумели». Борьба между защитниками и противниками вотчиновладения монастырей проявилась и на Соборе 1531 г., осудившем инока Вассиана (в миру князя В.И. Патрикеева), однако исследователям остаётся неясным, что было главным пунктом обвинений и главной причиной осуждения (судное дело сохранилось не в полном объёме, решения Собора отсутствуют, излагаются лишь прения сторон). Вассиан считал себя учеником старца Нила, но его воззрения на монашество отличались от взглядов учителя, прежде всего, тем, что в них преобладал обличительный пафос, а не созерцательный настрой. Как бывший член великокняжеского суда и (по гипотезе Л.В. Черепнина) один из составителей Судебника 1497 г., Вассиан пытался найти в каноническом праве обоснование своих взглядов и даже составил «Кормчую» особой редакции, поместив в неё собственное сочинение «Собрание некоего старца», поставив себя в ряд Отцов церкви и великих канонистов, толкователей священных правил. Это вызвало суровое осуждение Собора: «Ни ты апостол, ни ты святитель, ни ты священьник». Впрочем, митрополит Даниил, составивший «Сводную Кормчую» (видимо, в противовес Вассиановой), тоже включил в неё свои сочинения. Вассиан не высказывался о типе и уставах монастыря. В качестве одной из мер по отношению к монастырским сёлам он предлагал лишить монастыри права распоряжаться доходами с их владений в пользу епископов, однако исследователям неясно, шла ли речь лишь об управлении или также и о владельческих правах. В качестве крайней меры он предлагал конфискации: «Аз великому князю у монастырей села велю отъимати». Максим Грек был сторонником общежительных монастырей и не отрицал монастырского богатства, но главным критерием в отношении к нему были нравственные императивы, праведное его использование. Особенно он осуждал ростовщичество, суровые формы эксплуатации крестьян в монастырских вотчинах. Стоглав, рассматривая вопросы, относящиеся к иноческому чину, постоянно говорит о двух типах монастырей – общих и «особь сущих» (особных), но предпочитает «нестяжательное и совершенное общежительство». Сторонники «направления» Иосифа Волоцкого, чья позиция отразилась в решениях Стоглавого Собора, тоже были «нестяжателями», понимая «нестяжание» как строгое выполнение лично каждым монахом одного из основных монашеских обетов – бедности, отсутствия или ограничения личной собственности, хотя корпоративная собственность монастыря могла при этом быть весьма значительной, но традиционно рассматривалась как «нищих богатство» и использовалась часто на нужды благотворительности, помощь во время голода, кредитование крестьян, т.е. организацию производства и т.д. Это проявилось в деятельности Иосифо-Волоколамского, Троице-Сергиева и ряда других крупных монастырей. Аскетические идеалы и поборников скитского жития, и приверженцев общежительства оказали существенное влияние на хозяйственную этику русского православия, формируя такую её черту, как праведное отношение к богатству. Монастыри служили оплотом для распространения и укрепления христианства среди язычников. Например, Коневский монастырь содействовал обращению в христианство чудских племён, Мурманский – лопырей, в обращении которых позднее принимал деятельное участие и Соловецкий монастырь, и т.д.