В конце XVI – начале XVII в. (при Львовском епископе Гедеоне) наблюдалось некоторое оживление и возрождение монашества, в основном в пределах Галиции, что было связано с Иовом (Княгиницким). Закончив острожское училище, он был послан князем Острожским с милостыней на Афон, где ощутил призвание к иноческой жизни, спустя некоторое время после возвращения на родину с отчётом о выполненном поручении снова отправился на Святую Гору и принял монашество в Ватопеде с именем Иезекииль. После 12-летнего пребывания на Афоне возвратился и по просьбе епископа Гедеона и архимандрита Исаии (Балабина) занялся устроением в Уневском монастыре общежительства по образцу святогорского. После тяжёлой болезни, приняв схиму с именем Иов и отказавшись от рукоположения в иеромонаха, он решил уйти в уединённый скит, который основал в 1603 г, при церкви св. архистратига Михаила в имении Адама Балабана в Угорнике. Преподобный Иов повторил подвиг многих русских пустынников, которые становились основателями больших и славных общежительных монастырей. Основав общежительный монастырь в Угорнике, он затем вводил общежительные порядки в Дерманском монастыре по просьбе его настоятеля Исакия (Борисковича). Пустынь при реке Баторсове, куда он удалился, после прихода туда новых иноков стала общежительной. Однако Иов сохранил возникшее ещё на Афоне устремление к другой форме подвижничества и основал Великий скит (до 1607 г.). Наиболее значительные русские монастыри, выделившиеся к началу патриаршего периода по своему авторитету, почитанию верующими, чудотворениям и чудотворным иконам, размерам и значению в церковной жизни, нашли отражение в «Лествице о соборных властех», составленной в 1599 г. при патриархе Иове (1589–1605 гг.). В ней официально оформлена система высшей соборной власти Русской церкви, складывавшаяся в течение всего столетия в ходе работы освященного Собора. «Лествица» содержит «имена митрополитом, и архиепископом, и епископом, и архимандритом, и игуменом, и соборным старцом, которые бывают у Иева, Патриарха Московскаго и всеа Русии, на Соборе 107-го году». И хотя «Лествица» относится лишь к одному конкретному Собору, закреплённая в ней иерархическая система сохраняла своё значение в течение XVII в., а формировалась она в последние десятилетия XVI в. (так, ей близок порядок именования участников Собора 1580 г.). «Лествица» 1599 г. открывается именами четырёх митрополитов (Великого Новгорода и Великих Лук; Казанского и Астраханского; Ростовского и Ярославского; Сарского и Подонского), архиепископов (Вологодского и Великопермского; Суздальского и Торусского; Смоленского и Брянского; Рязанского и Муромского; Тверского и Каширского; Архангельского), епископов (Псковского и Изборского; Коломенского и Каширского; Корельского и Opeшковского). Далее следует перечень архимандритов и игуменов, но не по сану (сначала все архимандриты, затем все игумены), а по значению монастыря, которое определялось, как полагают исследователи, его древностью, именами основателя, и подвизавшихся в нём святых подвижников, почитаемостью и размером, а также другими, не всегда известными им факторами. «Лествице» 1599 г. близка «Лествица» патриарха Иоасафа I (1634–1640/1641 гг.), но в ней отсутствуют соборные старцы. Эта же система положена в основу перечня монастырей по степени их иерархического значения в Соборном уложении 1649 г. (размеры штрафов за бесчестье, причинённое архимандритам, игуменам, монастырским властям и старцам). Совпадение монастырей и порядка их расположения почти полное, за исключением того, что один монастырь в «Лествице» патриарха Иоасафа отсутствует (дорогобужский Болдинский), но добавлены четыре новых – Знаменский на Варварском крестце, новгородский Тихвинский, астраханский Троицкий, Воздвиженский на Арбате. Большинство монастырей, названных в «Лествицах» и Соборном уложении, были также крупными культурными центрами, сокровищницами книжных богатств не только русского православия, но и всего христианского мира. В 1653 г. по поручению патриарха Никона (1652–1658 гг.) была составлена «Опись книгам, в степенных монастырях находившимся», необходимая для развития печатного дела и исправления книг. Она позволяет судить о том, какие монастыри к середине XVII в. были самыми крупными хранителями книг и тем самым имели огромное значение в деле духовного просвещения.