Опись включает 39 монастырей: Троице-Сергиев, Чудов, Новоспасский, Кирилло-Белозерский, боровский Пафнутиев, нижегородский Печерский, суздальский Спасо-Евфимиев, Симонов, ростовский Богоявленский, вологодский Корнилиев, кашинский Калязин, вологодские Спасо-Каменный и Прилуцкий, переславский Никитский, ростовский Борисоглебский, московский Богоявленский, костромские Ипатский и Богоявленский, владимирский Рождественский, вологодский Павло-Обдорский, переславль-залесский Даниловский, псковский Печерский, новгородские Хутынский и Антониев, переславль-залесский Горицкий, свияжский Богородицкий, казанский Преображенский, волоколамский Иосифов, ярославский Спасский, угрешский Никольский, белозерский Ферапонтов, переславль-рязанский Спасский, новгородский Тихвинский, желтоводский Троицкий, новгородский Духовский, вологодский Глушицкий, тверской Отрочь. Опись не была полной, включала лишь те монастыри, которые подали сведения. Всего в ней перечислено 2672 книги, чем далеко не исчерпываются богатства древнерусской книжности. Книжные фонды многих монастырей до наших дней сохраняются в архивах и библиотеках. Общее количество монастырей XVII в. было значительно большим. Современные исследования выявили более 600 монастырей и пустынь, имевших крепостные дворы в конце XVII – начале XVIII в. Примерно столько же было монастырей и пустынь, не имевших крепостных. Данное количественное соотношение (если предположить, что аналогичная тенденция существовала и ранее) является косвенным свидетельством того, что в характерном для конца XV – XVI в. противостоянии двух точек зрения по поводу монастырского землевладения объектом полемики были отнюдь не все монастыри и не всё монашество, но лишь его часть. Другая же часть соблюдала заповедь нестяжания не только как индивидуальный обет каждого монаха, но и как принцип социального бытия обители. Среди зафиксированных 600 монастырей, имевших крепостные дворы, 136 основаны в XVII в. Это мелкие и средние монастыри, имевшие до 100 дворов, иногда – до 10. К числу крупных, т.е. владевших крестьянскими дворами в количестве более 500, и крупнейших (более 1250) относятся в большей части лишь монастыри, создание которых связано с именем патриарха Никона. Новоиерусалимский Воскресенский имел в 1678 г. 586 крестьянских дворов, а в 1700 – 2465 дворов, Крестный в Каргопольском уезде – 812 дворов в 1653–1661 гг., 910 дворов в 1700 г., Иверский – 2059 дворов в 1648 г. и 2302 в 1700 г. Управление монастырями с 1649 г. осуществлял Монастырский приказ, созданный Соборным уложением 1649 г. Уложение означало новый важный этап той правительственной политики по отношению к монастырям, которая проводилась на Соборах 1551, 1580 и 1584 гг., она имела целью усиление контроля государства над монастырями и ограничение роста монастырской земельной собственности. Решения Соборов 1580 гг. о запрете монастырям приобретать и получать в качестве вкладов родовые и выслуженные вотчины оказались неэффективными. Особенно заметные отклонения от них допускались при патриархе Филарете (1619–1633 гг.). Уложение 1649 г. категорически запрещало монастырям, а также патриарху, митрополитам, архиепископам и епископам покупать, брать в заклад, принимать «по душам в вечной поминок» родовые, выслуженные и купленные вотчины. В случае нарушения запрета вотчина подвергалась конфискации. Усиление контроля со стороны государства проявилось и в том, что постановление о церковных и монастырских вотчинах исходило не от Собора, как прежде, но было внесено в качестве общегосударственного закона, хотя и содержало ссылки на мнения освященного и земского Соборов. По Уложению, монастыри лишались подавляющего большинства своих городских владений – торгово-ремесленных слобод и дворов на посадах, запрещалось иметь такие слободы и в будущем. Уложение внесло изменения и в сферу суда. До 1649 г. монастыри и население их вотчин были подсудны церковным, епископским судам, тем самым они освобождались от подсудности общегосударственным учреждениям. Теперь же для священнического и иноческого чина устанавливалась такая же, как для мирских людей, подсудность по недуховным делам Монастырскому приказу, который был государственным учреждением, возглавлялся, как и все приказы, окольничими и дьяками. В его ведении находился разбор гражданских и наименее важных уголовных дел в отношении всех духовных лиц вплоть до митрополитов, а также их людей и крестьян. За церковью оставался лишь суд по церковным делам. Монастырский приказ осуществлял государственную финансовую политику в церковных и монастырских вотчинах, которые передавались в его ведение. Он распоряжался назначениями на должности настоятелей, келарей, строителей, казначеев, ведал и некоторыми духовными делами монашествующих.