Совет занял позицию активной обороны церквей от посягательств большевиков. По итогам заседания Совета от 31 января была выпущена листовка, в которой население призывалось «придти на помощь и своей многочисленностью дать отпор покушению на церковь». Вскоре Совет был разогнан. Михаилу удалось избежать ареста. В это время возникли условия для реализации заветных планов членов Кружка ищущих христианского просвещения о создании духовной школы аскетической направленности на основе заветов святых отцов. Кружок ищущих христианского просвещения стал инициатором создания богословских курсов, действовавших в апреле-июне 1918 г. на квартире Михаила. Организацию курсов благословил патриарх Тихон (Беллавин). На курсах преподавали епископ Феодор (Поздеевский – Священное Писание), Михаил (святые отцы, их жизнь и творения), Михаил Иванович Смирнов (богослужение), С.П. Мансуров (история церкви), Андрей Гаврилович Куляшов (апологетика), С.Н. Дурылин (церковное искусство). С середины января 1919 г. предполагалось возобновить деятельность курсов. В составе преподавателей вновь значились члены новосёловского кружка: епископ Феодор (Поздеевский), С.П. Мансуров, Лев Александрович Тихомиров и Михаил. Однако деятельность богословских курсов возобновить не удалось, так же как не развернулась в полную силу и деятельность Даниловской академии в Даниловом во имя преподобного Даниила Столпника московском мужском монастыре, где настоятелем стал епископ Феодор (Поздеевский). В середине ноября 1919 г. Михаил переехал в Данилов монастырь. 30 ноября 1919 г. он писал П.А. Флоренскому: «Положением своим в Дан[иловом] пока доволен, – чтобы не сказать больше, – несмотря на некоторые неудобства, как напр[имер], на отсутствие отдельной комнаты. Но и «угол» даёт больше, чем Ковригинская квартира (прежнее место жительства Михаила, где, в частности, собирался Кружок ищущих христианского просвещения), т.к. имею досуг и тишину для занятий. Конечно, ежедневно бываю в церкви, работаю и физически – разгребаю снег, иногда варю пищу...» Исследователи полагают, что в 1922 г. Михаил принимал участие в составлении воззвания «Братское предостережение чадам истинной Церкви Христовой», подписанного как «Братство ревнителей Православия. Издание друзей истины». Воззвание призывало отвергнуть обновленцев как узурпаторов церковной власти. За публикацией последовала карательная акция ГПУ. Ордер на обыск жилища Михаила подписал 11 июля 1922 г. Генрих Григорьевич Ягода, и, хотя ничего компрометирующего найдено не было, а следствие было прекращено, Михаил перешёл на нелегальное положение и скрывался у своих многочисленных друзей, главным образом, в Москве и Петрограде. В 1922–1927 гг. Михаил работал над циклом статей в эпистолярном жанре «Письма к друзьям» (исследователям известны двадцать писем).