В прессе появились отзывы, характеризовавшие намерения Синода как «спешку» и даже «церковный переворот». 31 марта 1905 г. император Николай II наложил отрицательную резолюцию на ходатайство Синода, проведение Собора было признано несвоевременным: «Представляю Себе, когда наступит благоприятное для сего время, по древним примерам православных Императоров, дать сему великому делу движение и созвать собор Всероссийской Церкви для канонического обсуждения предметов веры и церковного управления». 1 декабря 1905 г. было назначено сроком подачи архиереями отзывов по вопросам будущего церковного переустройства. Эти ответы были опубликованы в 1906 г. в трёхтомнике «Отзывы епархиальных архиереев по вопросу о церковной реформе». В статье «Голос мирянина» Михаил благодарил царя за «избытие беды скороспелых решений» и предлагал образовать «Соборное подготовительное совещание». И действительно, было высочайше утверждено Предсоборное Присутствие, деятельность которого продолжалась с марта по декабрь 1906 г. и имела результатом четыре объёмных тома материалов. В той же статье Михаил призывал не истолковывать царский указ в консервативном смысле: «Не дадим... косным защитникам существующего церковного порядка, сторонникам взгляда, что всё обстоит благополучно, смешивающим живое и живительное благоустроение Церкви с мёртвым благообразием кладбища..., не дадим им ослабить и затормозить исполнение надежд наших!.., не допустим под предлогом и прикрытием Царского отказа Святейшему Синоду в немедленном созвании Поместного Собора – похоронить в старом бюрократическом сундуке Царскую волю о необходимости преобразования Церкви!» В 1902 г. Михаил организовал издание «Религиозно-философской библиотеки». Серия просуществовала до 1917 г., в неё вошло 39 выпусков. Печатались издания в Вышнем Волочке, Москве и Сергиевском посаде (ныне город Сергиев Посад). Помимо этого Михаил опубликовал двадцать книг в серии «Издания религиозно-философской библиотеки», а также больше 80 «Листков религиозно-философской библиотеки», выходивших в двух сериях: «Семена Царствия Божия», где публиковались святоотеческие тексты, и «Русская религиозная мысль», посвящённая религиозно-философским вопросам. Михаил был составителем большинства выпусков «Религиозно-философской библиотеки» и автором многих из них. Ему же принадлежит авторство ряда предисловий. Целью издательской деятельности Михаила было воцерковление русского общества, прежде всего, интеллигентной молодёжи. В газете «Колокол» следующим образом комментировалось издание: «Христианство и Православная Церковь освещаются в них (в выпусках серии) с тех точек зрения, с которых они наиболее понятны русскому интеллигенту... Книжки разъясняют те вопросы, которые или забыты, или извращены в интеллигентском понимании... Привести отбивающихся от веры в Церковь, дать им возможность пережить живое христианство, христианство со Христом, – и имеют целью издания “Религиозно-философской библиотеки”». Первый выпуск серии носил характерный заголовок «Забытый путь опытного богопознания». Здесь Михаил призывал вернуться к указанному «забытому пути» как к единственно верному.