Тема богопознания является одной из основных тем выпусков «Религиозно-философской библиотеки». Постижение Бога через религиозный опыт Михаил противопоставляет рациональному познанию. Так же как христианство в целом не вероучительная система, а «прежде всего и существенно новая жизнь, принесённая человеческой душе Богочеловеком», так и истинное, спасительное познание Бога носит не рассудочный, а сердечный характер и приобретается через откровение Духа Божия. «...Под познанием Истины христианские мудрецы разумели не теоретическое познание, добываемое и усвояемое силами формального мышления, а некоторое особое проникновение, вхождение в потустороннюю область вечной Истины, выражающееся в подаваемом свыше «благодатном ощущении» её, в осиянии и озарении души через «прикосновение» к ней Самой Истины». Практическим следствием подобного взгляда на богопознание Михаил называл связь богословия с религиозно-нравственным подвигом, постановку богословия «на почву внутреннего опыта». По его мнению, «школьные богословы», заражённые, по словам Михаила, протестантским рационализмом, убивающим живые начатки религиозной жизни, порождающим равнодушие, а часто и отвращение к религии, были далеки от истинного богословия. Эти богословы, согласно Михаилу, подменяют веру «правоверием, т.е. правильным мнением», а представление о правильном движении к Истине подменяется ими представлением о правильном мнении об Истине; в итоге православие заменяется правоверием. Ряд выпусков «Религиозно-философской библиотеки» посвящён вопросу границ церкви и её сущности. Михаил занимал жёсткую критическую позицию по отношению к католицизму и протестантизму, которые именует не иначе как расколом и сектантством и которым отказывает в обладании Христовой истиной. Михаил осуждает католическую мистику, характеризует её как «разгорячённую и исступлённую мечтательность», которая в православной традиции называется прелестью. В отличие от католической мистика православной церкви трезвенна, проста, основана на смирении, призывает не к высоте видений, а к «покаянному видению грехов своих». Михаил обращал внимание читателей «Религиозно-философской библиотеки» на процесс подмены христианства «безбожным сознанием» в культурном пространстве России начале XX в. Михаил настаивает на том, что построить безрелигиозную автономную мораль невозможно, т.к. единственным основанием морали является религия. За «прекраснодушием» в духе Л.Н. Толстого в действительности скрывается аморализм. Бесплодна всякая саморефлексия без молитвы. За почтительным отношением гуманизма к христианству кроется отрицание его божественного достоинства. В подмене христианского понятия любви к ближнему альтруизмом Михаил видел угрозу, поскольку «между альтруизмом и ближним становится человечество, которое и определяет, как и кого должно любить или даже ненавидеть». Это означает способность морали эволюционировать, т.е. её фактическое отрицание. Гуманизм представлен в выпусках «Религиозно-философской библиотеки» сутью истории Нового времени. Существо же гуманизма указывается в «постановке человеческого развития во всех его главнейших обнаружениях на безусловно самостоятельный путь, вне всякого влияния и контроля со стороны Высшего существа».