Михаил сблизился с Иоанном Кронштадтским, общался с оптинскими старцами. Все они видели в Л.Н. Толстом лжепастыря, уводящего христиан от церкви. В 1902 г. Михаил печатно выступил с обличением Л.Н. Толстого: «Служить же вы хотите не Ему и не тому Отцу Его (Господу), Которого знает и признаёт вселенское христианство, начиная от православного и католика и кончая лютеранином, штундистом и пашковцем, а какому-то неведомому безличному началу, столь чуждому душе человеческой, что она не может прибегать к нему ни в скорбные, ни в радостные минуты бытия своего... Слова все хороши: Бог, Дух, любовь, правда, молитва, а в душе пустота получается по прочтении их. Не чувствуется в них жизни, веяния Духа Божия... Вы никак не можете выйти из заколдованного круга собственного «я»... Простите, если чем нечаянно обидел вас, Л. Н[иколаеви]ч. Говорю «нечаянно», потому что во все время писания не замечал в себе ничего к вам враждебного... Мне грустно, что их (дружеских отношений) нет теперь и не может быть, пока между нами стоит Он, Господь мой и Бог мой, молитву к Кому вы считаете кощунством и Кому я молюсь ежедневно, а стараюсь молиться непрестанно. Молюсь и о вас, и о близких ваших с тех пор, как, разойдясь с вами, я после долгих блужданий по путям сектантства вернулся в лоно Церкви Христовой». Впрочем, возникшее принципиальное расхождение во взглядах не поколебало взаимной симпатии. Выпуски издаваемой Михаилом «Религиозно-философской библиотеки» Л.Н. Толстой читал за несколько дней до смерти. Душан Петрович Маковицкий писал Михаилу по просьбе Л.Н. Толстого: «...Она («Религиозно-философская библиотека») ему (Толстому) чрезвычайно нравится, и он желал бы знать, продолжается ли она и сколько её номеров. И присылает вам свой привет – если вы его помните». В 1901–1903 гг. Михаил принимал участие в Санкт-Петербургских Религиозно-философских собраниях, где выступал с позиций строго церковных. В прениях о свободе совести 4 апреля 1902 г. Михаил сказал: «Мы решим вопрос о свободе совести только тогда, когда вступим на почву истинного христианского подвига: в собственном смысле приобщимся к Христу. А то неизбежно будут противоречия. Эти противоречия снимаются только приобщением каждого из нас к той истине, которая сделает нас свободными. Вне этого приобщения все это будут высокие мысли, но бесцельные». Позже он прочитал доклад о христианском браке. И брак, и безбрачие Михаил полагал подчинёнными цели спасения: «Церковь говорит: брак хорош, безбрачие лучше. Но какой брак хорош? Брак, в который вступают люди для удобнейшего служения Богу. Но какое безбрачие лучше? Которое поставляет целью теснейшее соединение с Господом. В безбрачии последнее достигается с большим успехом, но не всеми. Для других брачная жизнь является более спасительной – по разным причинам: по большей страстности, по меньшей ревности духовной, по внешним обстоятельствам жизни, по нравственной поддержке, которую находят друг в друге брачующиеся, по крестоношению, которое брак налагает на избегающих креста и проч. Во всяком положении цель одна – приближение к Богу». Следуя этим словам, и сам Михаил предпочёл путь безбрачия. Реакцией Дмитрия Сергеевича Мережковского на доклад была фраза: «Скучно слушать проповеди». На это Василий Михайлович Скворцов отреагировал: «Вам, может быть, скучно, а мне приятно. Будем же в этом отношении терпимы».