На этих встречах твёрдая позиция Михаила вызывала порой раздражение в рядах «ищущей» интеллигенции, которая превратила свои искания в самоцель и с подозрением относилась к любому «нашедшему». 12 декабря 1904 г. вышел указ за подписью императора Николая II, намечавший ряд реформ, в том числе касавшихся свободы вероисповеданий. В прессе началось обсуждение предполагаемых реформ в Русской православной церкви. Вскоре в журнале «Русское дело» появилась анонимная статья (предположительно авторства Михаила) «О необходимости восстановления прихода в качестве церковно-общественной единицы», где реализация названной идеи полагалась возможной лишь «по милостивому почину Православного Царя», но не со стороны светского и синодального начальства. С программной статьёй выступил редактор-издатель «Русского дела» Сергей Фёдорович Шарапов, который предлагал восстановить патриаршее устройство церкви. Это, по мнению автора, должно было произойти «по зову Царя». Поместному Собору иерархов Русской православной церкви следовало бы восстановить жизнь церкви по древним канонам, в частности, воссоздать приходские общины. Это необходимо, т.к. «Церковь забыла свою земную задачу – быть естественной народной организацией Русского Царства... Если Церковь не остановит революцию, междуусобия не предотвратить». В следующем номере журнала появился отклик Михаила на статью С.Ф. Шарапова: «Лобызаю Вашу мысль о Церковном Соборе и о скорейшем восстановлении приходской общины... Голос русской Земли заглушается и бюрократией, и интеллигенцией... Грустное сознание, что на епископов надежда плоха... Я верю, что на Соборе, где должны сойтись епископы, священно- и церковно-служители и миряне..., сердца и умы загорятся огнём Христовой любви и правды, который и выведет нас на путь истинного религиозно-общественного строительства родной земли». 17 марта 1905 г. последовало решение Синода ходатайствовать перед государем о созыве весной того же года Всероссийского Собора и избрании патриарха. Предполагалось созвать Собор в Санкт-Петербурге, наиболее вероятным кандидатом в патриархи предполагался первенствующий в Синоде иерарх – митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский). 23 марта 1905 г. в Москве состоялось собрание частного «Кружка православных ревнителей Церкви, клириков и мирян», на котором Михаил выступил с докладом «О воссоздании живой церковности в России». На собрании присутствовало около 60 человек, в том числе Фёдор Дмитриевич Самарин, Александр Дмитриевич Самарин, профессор Николай Александрович Заозерский, доктор Александра Александрович Корнилов, Владимир Константинович Истомин и др. В докладе содержалась просьба к государю не созывать Собор немедленно, как просил Синод, но отложить его созыв до окончания войны с Японией. Ввиду предстоящего Собора была высказана просьба к государю о подготовке всеми членами церкви соображений, касающихся разных сторон церковной жизни, которые будут представлены будущему Собору как материал для обсуждения.