В январе 1813 г. епископ Августин (Виноградский) переехал в московский в честь Богоявления монастырь. Праздник Входа Господня во Иерусалим был ознаменован перенесением Владимирской иконы Божьей Матери из Московского Сретенского монастыря в Успенский собор. 26 августа 1813 г. Владимирскую икону принесли с крестным ходом в обитель, где после литургии в присутствии графа Ф.В. Ростопчина епископ Августин (Виноградский) произнёс Слово «на случай годичного поминовения» убиенных воинов во время Бородинского сражения. На территории монастыря находилось кладбище, на котором были похоронены участники Отечественной войны 1812 г. За труды, понесённые в 1812–1813 гг., епископ Августин (Виноградский) наградил строителя Феофилакта набедренником и наперсным крестом. В 1816 г. Феофилакт был награждён орденом святой Анны второй степени. Среди братии при игумене Феофилакте, в 1813 г., упоминаются четыре иеромонаха (среди них – иеромонах Иона, который по старости и болезни «священнослужение не исправляет»), белый священник, два иеродиакона, семь послушников. Иеромонахом Арсением (1815–1819 гг.) в 1816 г. была сделана опись церковного имущества монастыря. В ней есть описание придела Всех святых в Никольской церкви, который не упоминался в предыдущих монастырских описях. При игумене Израиле (1819–1822 гг.) были окончательно отремонтированы и освящены пострадавшие во время войны 1812 г. придел Рождества Иоанна Предтечи и церковь преподобной Марии Египетской. По установленным штатам в монастыре должны были числиться строитель и шесть монашествующих. В 1821 г. в обители проживали 19 человек, в том числе строитель, пять иеромонахов. Таким образом, в обители сверх штата находилось 12 человек. В 1843 г., при игумене Константине (1843–1848 гг.), частица мощей Тверского князя Михаила Ярославича, переданная в монастырь, была вложена в ковчег с мощами преподобной Марии Египетской. В 1843 г. перед ковчегом с мощами был поставлен медный посеребренный подсвечник. 15 ноября 1844 г. на средства купеческой дочери М.Д. Лухмановой выполнен новый серебряный ковчег весом «9 фунтов 95 золотников»; на наружной крышке ковчега вычеканены образы преподобной Марии Египетской и Тверского князя Михаила Ярославича. В начале XX в. этот ковчег находился на специальном аналое, стоявшем в соборе у южного столба. В 1859 г. настоятелем Московского Сретенского монастыря стал архимандрит Вениамин (Петухов), ближайший помощник Московского митрополита Филарета (Дроздова). В обители при архимандрите Вениамине проводились реставрация и ремонт зданий, в монашество были пострижены восемь человек. К 1871 г. в монастыре проживали 17 человек, всего с 1859 по 1872 гг. в братии состояло 46 человек. В 1870–1872 гг. в Московском Сретенском монастыре проживал архимандрит Филарет (Петухов), бывший настоятель енисейского в честь Преображения Господня монастыря, родной отец архимандрита Вениамина. 31 марта и 17 июня 1880 г. архимандрит Виктор (Саврасов; 1853–1859, 1872–1880 гг.) подавал в Московскую духовную консисторию донесения о необходимости исследования и восстановления в первозданном виде храма преподобной Марии Египетской. В том же году церковь осмотрела комиссия Московского археологического общества, которая сочла строение древним, предположительно относящимся к концу XIV в., и рекомендовала его отреставрировать, но была выполнена лишь консервация храма.