После управлявшего обителью в 1757–1759 гг. архимандрита Иоасафа наместником (1759–1760 гг.) стал игумен Аарон, при котором были построены придел Сретения Господня в церкви преподобной Марии Египетской и придел Димитрия Ростовского в храме Николая Чудотворца. Строительство Димитриевского придела на средства бригадирши П.Г. Кориной завершилось в 1761 г. (упразднён в 1832 г.). Позднее иждивением первого московского городского головы Демида Демидовича Мещанинова в Никольском храме был устроен придел во имя Всех святых. После непродолжительного настоятельства игумена Максима (1760–1761 гг.) Московский Сретенский монастырь в 1761–1765 гг., в период проведения правительством церковно-имущественной реформы, управлял игумен Маркелл (Тросницкий). Особая комиссия должна была выяснить истинные доходы от церковных имений и соответственно этому подготовить учреждение «штатов», т.е. определить размеры жалованья, выдаваемого из казны. Описи производили посылаемые комиссией обер-офицеры из дворян, служившие в армейских полках. Согласно описи, составленной в апреле 1763 г. поручиком Семёновского полка Лукьяном Ивановичем Талызиным, в Московском Сретенском монастыре проживали шесть монашествующих, три бельца (пономари), служили четыре священника и диакон из белого духовенства; все они содержались на ежегодное жалованье из Штатс-конторы (за вотчину, переданную селу Коломенскому) в размере 11 руб. 50 коп. и «малого хлебного». В 1764 г., при учреждении монастырских штатов, Московский Сретенский монастырь был отнесён к заштатным и оставлен на содержании из собственных доходов. В обители полагалось проживать семи монахам. Постановлением от 15 марта 1764 г. монастырь планировалось упразднить, т.к. он не имел приносящих доход вотчин, и передать Военной коллегии, а на его территории разместить учеников Московской гарнизонной школы близ Варварских ворот. Во время эпидемии чумы, в 1771 г., согласно сообщению сретенского игумена Амвросия, служившего экономом Московского архиерейского дома и проживавшего, в основном, в Чудовом монастыре, умерли все насельники: два иеромонаха, иеродиакон и два монаха. В 1776 г. наместник (1772–1778 гг.) архимандрит Никон составил подробную опись Московского Сретенского монастыря, отметив, что кроме него в обители живут иеромонах, иеродиакон, три «бельца-священника» и послушник; на территории обители расположены Владимирская церковь с приделом Рождества Иоанна Предтечи, Мариинская церковь с приделом Сретения Господня, Никольская церковь с приделом Димитрия Ростовского. Новый игумен Арсений (1778–1786 гг.) в 1779 г. получил дозволение починить ветхую деревянную кровлю Сретенского придела (1760 г.) Мариинского храма. Но потребовался более основательный ремонт, который был проведён в 1782–1784 гг. на средства фабриканта Афанасия Абрамовича Гончарова. В 1784 г. церковь преподобной Марии Египетской была возобновлена. В память об этом событии при входе в храм была установлена доска с надписью: «Возобновлен бысть храм сей в лето от воплощения Бога Слова 1784 в царство великия государыни императрицы Екатерины Алексеевны всея России по благословению Московского архиепископа Платона; иждивением г. коллежского асессора Афанасия Абрамовича Гончарова, а освящена бысть онагож года месяца Ноембрия в 18 день; а освящал сея обители игумен Арсений с освященным собором».