Во время Большого Московского Собора 1666–1667 гг., в день памяти преподобной Марии Египетской в 1667 г., в обители служили Антиохийский патриарх Макарий III, Александрийский патриарх Паисий и новоизбранный Патриарх Московский и всея Руси Иоасаф II. 31 марта 1668 г. патриарх Иоасаф II поздравлял здесь царицу. Торжественное почитание преподобной Марии Египетской продолжалось в монастыре и после кончины в 1669 г. Марии Ильиничны. Сведения Записных книг приказа Тайных дел о выдаче рыбы от 22 февраля 1674 г. предписывают выдать «в Стретенской игумену пол осетра, 16 человеком белуга, осетр» («Русская историческая библиотека», том 21), что позволяет исследователям судить о численности братии в этот период. По заказу царя Фёдора Алексеевича вместо обветшавшего Сретенского собора был возведён каменный, его торжественное освящение состоялось 24 августа 1679 г. В 1680 г., подобно родителям, Фёдор Алексеевич поставил в иконостас Сретенского собора иконы святых покровителей своей семьи – преподобного Феодора Стратилата и мученицы Агафии (небесной покровительницы его жены Агафьи Семёновны Грушецкой). В 1688 г. боярин Алексей Петрович Прозоровский построил в монастырской стене рядом со святыми воротами каменную часовню на месте существовавшей «из древлих лет» и тёплую двухэтажную церковь во имя Николая Чудотворца. На первом этаже церкви, по мнению исследователей, предполагалось устроить усыпальницу семьи Прозоровских (здесь была похоронена Ирина Михайловна Прозоровская, супруга Бориса Ивановича Прозоровского, также позднее погребённого в Сретенском соборе), князь Б.И. Прозоровский жил в келье при часовне. 21 мая 1695 г. крестный ход из Кремля в Московский Сретенский монастырь изменил шествие и направился к храму в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери, заложенному у Никольских ворот Китай-города в 1692 г. по обету царицей Наталией Кирилловной Нарышкиной, второй супругой царя Алексея Михайловича. В 1706 г., при настоятеле (1693–1719 гг.) игумене Моисее (Великосельском), по благословению митрополита Рязанского и Муромского Стефана (Яворского) к Сретенскому собору был пристроен придел в честь Рождества святого Иоанна Предтечи, в 1707 г. собор расписан по обету стольника Семёна Фёдоровича Грибоедова. 18 февраля 1707 г. в монастырь под колокольный звон окрестных церквей из дома думного дьяка Емельяна Игнатьевича Украинцева пришёл крестный ход, растянувшийся от Покровских до Сретенских ворот Белого города, который доставил в обитель серебряный ковчег с частицей мощей (фрагмент правой ступни) преподобной Марии Египетской. Думный дьяк, посетивший по поручению царя Петра I Константинополь, получил этот ковчег от Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары в 1700 г. Ковчег с мощами был поставлен в соборе перед почитаемой Владимирской иконой, находившейся в местном ряду иконостаса слева от царских врат. В 1722 г., следуя царскому указу 1707 г. о закрытии всех часовен в новой столице – Санкт-Петербурге, Синод принял решение в городах, сёлах и деревнях часовни не строить, имевшиеся деревянные разобрать, а каменные употребить на другие «потребы».