В 1780 г. в монастыре жили игумен, казначей, иеромонах, вдовый поп и послушник. Монастырский штат предполагал наличие в Московском Сретенском монастыре особой должности строителя. В 1806 г. строителем был определён иеромонах Мефодиева Пешношского (Песношскго) во имя святителя Николая Чудотворца монастыря Феофилакт. В начале Отечественной войны 1812 г., в июле, строитель Феофилакт с братией пожертвовали на военные нужды 50 руб. 6 августа горел и был оставлен Смоленск. Чудотворная Смоленская икона Божьей Матери была принесена в Москву и поставлена в Успенском соборе Московского Кремля. 26 августа, в день празднования Сретения Владимирской иконы Божьей Матери, произошло Бородинское сражение. В тот же день, когда из Кремля, по древнему обычаю, совершался крестный ход в Московский Сретенский монастырь, викарий Московской епархии епископ Дмитровский Августин (Виноградский) с двумя грузинскими архиереями «обносил из Сретенского монастыря в крестном ходе икону Смоленской Богоматери вместе с Иверской и Владимирской вокруг Белого города, Китая и стен Кремлевских». От Сретенских до Арбатских ворот крестный ход шёл между обозами с ранеными и умирающими, которых духовенство кропило святой водой. По распоряжению епископа Августина (Виноградского), общему для всех монастырей и соборов, в обители были собраны драгоценная церковная утварь и другие вещи, хранившиеся в ризнице. Имущество монастыря для сохранения было отправлено с купцами Капустиными в Казань, а строитель Феофилакт с другими вещами переехал в Евфимиев суздальский в честь Преображения Господня монастырь. Московский главнокомандующий граф Фёдор Васильевич Ростопчин запретил увозить из обители мощи преподобной Марии Египетской, чтобы «не вызвать ропота и уныния у москвичей». Ковчег с мощами преподобной остался в соборе на аналое. При кратковременной оккупации Московский Сретенский монастырь был разграблен; требуя выдать имущество, французские солдаты избили казначея Алексия. Сначала французы жили в двух храмах, но потом в соборе был устроен лазарет. Но богослужения продолжали совершаться в Никольской церкви; несмотря на распоряжение Наполеона поминать только его, священник молился об императоре Александре I. Постройки монастыря не пострадали от пожара, и, вернувшись в обитель 24 октября того же года, строитель Феофилакт обнаружил, что храмы осквернены. 7 ноября того же года епископ Августин (Виноградский) возвратился в Москву и поселился в Московском Сретенском монастыре, т.к. архиерейские дома были разграблены, некоторые из них сгорели. 8 ноября, в день праздника архангела Михаила, перед литургией епископ Августин (Виноградский) внёс Владимирскую и Иверскую иконы Божьей Матери в тёплую церковь монастыря и совершил молебен Божьей Матери, а затем отслужил литургию и молебен по случаю тезоименитства великого князя Михаила Павловича. 12 декабря, в день рождения императора Александра I, епископ Августин (Виноградский) с сонмом духовенства освятил территорию Белого города, во время крестного хода несли ковчег с мощами преподобной Марии Египетской, а после литургии в монастыре граф Ф.В. Ростопчин зачитал донесения о победах русского воинства.