В 1922 г. 151 предмет церковной утвари был изъят и передан Отделу Наркомпроса по делам музеев и охране памятников искусства и старины (Центральный государственный архив Московской области). Монастырский собор был закрыт в 1926 г. Часть общины перешла в храм Святой Троицы в Серебряниках, затем – в храм святых апостолов Петра и Павла на Яузе, при этом они смогли сохранить храмовый образ Иоанна Предтечи и чудотворный обруч. Многие монахини разошлись по другим московским храмам, а игуменья Епифания (Митюшина) с несколькими сёстрами поселилась на подмосковном хуторе, но в 1929 г. хозяйство было национализировано. Общину обложили налогом, для выплаты которого в трёхдневный срок пришлось распродать имущество. В этот период на хуторе проживали 43 монахини, которые шили одеяла, занимались рукоделием, нанимались на подённые работы. В ночь на 21 мая 1931 г. все насельницы хутора (31 человек) были арестованы по обвинению в антисоветской агитации и выступлениях против коллективизации и заключены в Бутырскую тюрьму. Ни одна из них не отказалась от своих религиозных убеждений. 28 июня постановлением Тройки ОГПУ по Московской области 28 сестёр были приговорены к пяти годам ссылки в Казахстан, а три – к трём годам исправительно-трудовых лагерей в Сиблаге. Всего в 1930 гг. было репрессировано 64 сестры. В советское время храм преподобного Сергия частично был разрушен (передан РПЦ в 1993 г.). После возвращения из лагеря и ссылки несколько инокинь поселились в селе Виноградове (ныне частично в черте Москвы) и близ него, где во Владимирском храме служил схиархимонах Иларион (Удодов), бывший насельник Русского монастыря великомученика Пантелеимона на Афоне, а затем московского в честь Сретения Владимирской иконы  Божьей Матери монастыря. С 1920 гг. он окормлял ивановских монахинь. Некоторые сёстры были похоронены на Старом Марковском кладбище. За годы советской власти монастырский ансамбль не претерпел значительных изменений: был застроен с северной стороны дворик-атриум и надстроен двумя этажами трёхэтажный келейный корпус, святые ворота замуровали. В соборе, разделённом в 1927 г. межэтажными перекрытиями, находилось хранилище Центрального государственного архива Московской области (Центральный государственный архив Московской области). К началу ХХI в. основные келейные корпуса занимали учреждения МВД. В конце 1991 г. в бывшей монастырской часовне поселились Екатерина Ростковская (в иночестве Елисавета, в схиме София), которая считается первой насельницей возрождённого монастыря. В 1992 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи был приписан к храму равноапостольного великого князя Владимира в Старых Садех, настоятель которого протоиерей Сергий Романов в 1987–1990 гг. служил во Владимирском храме села Виноградова. В том же году в бывших зданиях причта монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи была открыта Свято-Владимирская православная гимназия. К 1995 г. сложилась небольшая сестринская община (десять человек), службы совершали в возвращённом бывшем больничном Елисаветинском храме (освящён 28 апреля 1995 г.).