В 1907 г. игуменьей монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи была впервые избрана его постриженица монахиня Епифания (Митюшина; ум. 12 января 1931 г.). На должность начальницы Покровского Свято-Троицкого монастыря Оренбургской губернии была определена насельница монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи монахиня Ариадна (Степанова). Вместе с ней в Покровский монастырь была переведена Раиса Монастырёва (впоследствии игуменья Иннокентия). В конце XIX – начале XX вв. монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи был единственной общежительной женской обителью в Москве и центром почитания Иоанна Предтечи. Здесь сложилась традиция надевать на голову прихожан металлический обруч в память Усекновения главы святого Иоанна Предтечи. Исследователи полагают, что этот обруч является мерой главы святого. В 1917 г. в монастыре в честь усекновения главы Иоанна Предтечи проживали 44 монахини, 33 рясофорные послушницы и около 200 послушниц. Летом 1918 г. монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи оказался в центре военных действий, штаб восставших левых эсеров находился поблизости, а на паперти соседней церкви князя Владимира в Старых Садех были установлены орудия. Монахини были вынуждены шить обмундирование для красноармейцев. В 1918 г. монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи одним из первых в Москве был закрыт; его банковские счета, а также сдаваемые в аренду помещения национализированы, больница закрыта. 10 апреля 1919 г. Президиум Московского совета рабочих и крестьянских депутатов издал постановление о выселении монахинь в трёхдневный срок, но его исполнение было отложено. Тогда состоялся осмотр обители и её ценностей, на учёт Комиссией по охране памятников были взяты восемь икон XVII в. и другие иконы, кадило XVII в., богослужебные облачения и утварь. 23 апреля того же года был заключён договор с общиной верующих, состоявшей из сестёр и прихожан обители (около 560 человек), о передаче им «в бессрочное пользование» соборного храма и больничной Елисаветинской церкви (Государственный архив Российской Федерации). Сёстрам для проживания были оставлены кельи, которые стали именоваться комнатами для общежития. Несмотря на это, в июле вышло постановление Президиума Московского совета рабочих и крестьянских депутатов о закрытии монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи передаче его зданий «в распоряжение отдела принудительных работ НКВД» (Государственный архив Российской Федерации). В августе 1919 г. на территории обители расположился Ивановский концентрационный лагерь, один из 12 городских концлагерей, позже преобразованный в лагерь особого назначения (с 1923 г. он именовался лагерем принудительных работ, а с 1927 г. – «экспериментально-пенитенциарным отделением государственного института по изучению преступности и преступника»; в 1930 г. Ивановский лагерь вошёл в состав первого отделения седьмой фабрично-трудовой колонии Москвы.