В тот же год, когда почти всё было готово к открытию обители, началась Русско-турецкая война (1877–1878 гг.), и власти попросили М.А. Мазурину предоставить отстроенные здания госпиталю для раненых офицеров. Поэтому после закрытия госпиталя открытие монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи не состоялось: его здания требовали ремонта. В 1878 г. М.А. Мазурина скончалась, поэтому председателем комиссии по строительству монастыря был назначен архимандрит Угрешского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря архимандрит Пимен (Мясников), а его игуменьей в 1879 г. стала настоятельница Аносина Борисоглебского женского монастыря Рафаила (Ровинская). Вместе с ней в обитель было переведено несколько сестёр. 19 октября 1879 г. состоялось торжественное освящение нового собора при участии митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова) и представителей городских властей. В 1880 г. в монастыре в честь усекновения главы Иоанна Предтечи проживали 14 монахинь, в том числе восемь сестёр из Аносиной обители. Монастырь хоть и был городским, но подчинялся угрешскому архимандриту Пимену (Мясникову). В монастыре в честь усекновения главы Иоанна Предтечи был введён строгий общежительный устав, приём сестёр находился в ведении настоятельницы. Вклада для поступления не требовалось, но принимались добровольные пожертвования, которые, впрочем, не давали поступившим никаких преимуществ. Сёстры получали кельи с отоплением и освещением, трапезу, одежду и обувь. Приём родных и знакомых разрешался только по воскресным дням и только в помещении общей трапезной. Выход за пределы монастыря зависел от разрешения настоятельницы. Сёстры несли церковные послушания, работали в бело- и золотошвейной и иконописной мастерских. В монастыре действовала больница для монашествующих и послушниц московских монастырей. В 1891 г. монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи получил 107 десятин земли близ сёл Старбеево Московского уезда (ныне в черте города Химки Московской области) и Гнилуши (ныне в черте города Долгопрудного Московской области), где был основан хутор Чернецово, создано подсобное хозяйство, и устроено кладбище для монахинь, на средства благотворителей построена деревянная церковь во имя Сергия Радонежского (освящена 16 июля 1893 г.), в 1895 г. открыта одноклассная церковноприходская школа для крестьянских девочек. Постриженицы монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи стали игуменьями многих монастырей Московской епархии: первая игуменья монахиня Рафаила (Ровинская) впоследствии стала настоятельницей кремлёвского Вознесенского монастыря, её преемница монахиня Сергия (Смирнова) – настоятельницей московского во имя преподобного Алексия, человека Божия, монастыря, благочинная монахиня София (Быкова) – настоятельницей Зосимовой Троице-Одигитриевой пустыни, ризничая Анастасия (Астапова) – настоятельницей Князь-Владимирского женского монастыря Подольского уезда Московской губернии. Постриженицей монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи была монахиня Леонида (Озерова), служившая настоятельницей сначала серпуховского Владычного в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а затем московского Новодевичьего монастырей.