В 1814 г. храму полагался уже только пономарь. Клирики не получали оклад, содержались за счёт прихода и на проценты от сумм, внесённых в Сохранную казну вкладчиками для поминовения себя и своих близких. Опустевшие здания монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи были отданы для расселения оставшихся после пожара 1812 г. без крова священнослужителей ружных церквей, престарелых соборных клириков и вдов с сиротами. В игуменских покоях поселили служащих Синодальной типографии, к 1824 г. для них в юго-западной части монастырского комплекса возвели двухэтажный жилой корпус. После 1816 г. была упразднена надвратная церковь, а в трапезной при соборе на средства Е.П. Толмачёвой вместо Никольского придела был устроен придел в честь Казанской иконы Божьей Матери. Монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи был восстановлен как общежительный по благословению митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова) по инициативе купчихи Елизаветы Алексеевны Макаровой-Зубачёвой, происходившей из богатой купеческой семьи Мазуриных и завещавшей на это всё своё имущество, а также благодаря усилиям жены её покойного брата Николая М.А. Мазуриной. Согласно планам, в восстановленной обители вводился общежительный устав, в ней должны были проживать 25 монахинь и 25 послушниц, а причт – включать двух священников, диакона и двух причётников. Для реализации этого проекта были разобраны древний собор в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи, колокольня, трапезная, святые ворота с надвратной церковью и игуменские кельи. Оставили лишь часовню, находившуюся перед святыми воротами, и новый корпус, в котором жили служащие Синодальной типографии. Богатая монастырская ризница была передана в храм во имя святых Кира и Иоанна на ул. Солянке (не сохранился), иконостасы разобраны и без икон направлены в другие храмы, четырёхъярусный иконостас собора по благословению митрополита Филарета (Дроздова) в мае 1861 г. был передан в собор Вифанского в честь Преображения Господня мужского монастыря. Также было упразднено кладбище, а обнаруженные останки, которых набралось восемь ящиков, перезахоронили в общих могилах на Ваганьковском кладбище. В 1859 г. архитектор Михаил Доримедонтович Быковский представил проект нового архитектурного ансамбля монастыря, который отвечал бы принципу общежительства. 3 сентября 1860 г. состоялась торжественная закладка прямоугольного собора, который располагался в центре ансамбля в окружении келий, монастырского женского духовного училища, больничного корпуса с церковью во имя преподобной Елисаветы Чудотворицы и ограды. Главные ворота были перенесены на северную сторону, напротив входа в собор. Дом притча имел отдельный выход в город. Во время строительства собора были обретены мощи схимонахини Марфы и положены в часовне, а в 1875 г. перенесены в новый собор. В память о ней и возобновителе монастыря митрополите Филарете (Дроздове) на стенах появились фрески с образами их святых покровителей. В 1877 г. в монастыре в честь усекновения главы Иоанна Предтечи поселилась М.А. Мазурина, которой митрополит Московский и Коломенский Иннокений (Вениаминов) предлагал принять монашество и стать игуменьей, но она сочла себя недостойной.