К концу XVII в. сложился монастырский ансамбль: монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи окружала каменная ограда, а над каменными святыми воротами на средства В.С. Нарбекова была возведена церковь в честь Происхождения Честных Древ Креста Господня. Близ святых ворот находились каменные двухэтажные игуменские покои, а в центре комплекса – собор, который окружали некрополь и многочисленные деревянные кельи. После издания в 1701 г. указа царя Петра I о замене в монастырях деревянных келий каменными в монастыре в честь усекновения главы Иоанна Предтечи за счёт казны были построены 29 каменных келий (Российский государственный исторический архив). Согласно плану начала XVIII в., сестринские корпуса располагались вдоль периметра монастырских стен, оставляя свободной территорию вокруг собора и кладбища. В это время помимо игуменьи Марфы (Григорьевой) и казначеи Дорофеи (Телешовой) в обители проживали 99 штатных (удельных) монахинь, которые получали жалованье (ругу) из казны. В 1700 г. вместо руги обители была дана вотчина в селе Путятине близ города Переславля-Залесского, благодаря которой монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи получал в год 150 руб. и «хлеба по сту по пятьдесят чети ржи да круп грешневых по двадцати чети». В первой трети XVIII в. постепенно стал меняться социальный состав монашествующих. Большинство инокинь происходили из семей мелких служащих, городского посада, духовенства, нижних военных чинов и из крестьян, а игумений из дворянских семейств сменили представительницы духовного и купеческого сословий. В 1733 г. игуменьей была избрана монахиня Елена (Протопопова), дочь московского священника. В период её управления в Москве была раскрыта деятельность секты хлыстов, много родственниц и сторонниц членов этой секты оказались среди насельниц монастыря в честь усекновения главы Иоанна Предтечи, в том числе и признаваемая московскими хлыстами в качестве «богородицы» Анастасия (Карпова). В монастыре были похоронены в первой трети XVIII в. один из основателей секты Иван Тимофеевич Суслов и лидер секты Прокофий Данилович Лупкин. Перенос столицы в Санкт-Петербург и секуляризация государственной жизни отдалили монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи от царского двора, изменили круг вкладчиков и ограничили средства обители ругой, получаемой из Коллегии экономии. В 1732 г. из собора были украдены драгоценные оклады с храмового образа святого Иоанна Предтечи и с местночтимой Смоленской иконы Божьей Матери. К 1734 г. монастырские здания пришли в упадок, кровли храмов протекали, каменная ограда местами обвалилась, несколько келий стали непригодными для жизни. Во время московских пожаров 1737 и 1748 гг. монастырь горел, но стараниями игуменьи Елены (Протопоповой) его удалось восстановить. 4 июля 1760 г. императрица Елизавета Петровна издала указ, предписывавший освободить монастырь в честь усекновения главы Иоанна Предтечи и разместить в нём дом призрения «заслуженных людей жен во вдовстве, а дочерей в сиротстве и бедности» («Полное собрание законов Российской империи», том 15; «Полное собрание постановлений и распоряжений по ведомству православного исповедания», том 4).