В один экземпляр книги «Собрания писем к монахиням» 1863 г. (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки) была внесена существенная редакторская правка, прежде всего, по составу сборника: некоторые письма зачёркнуты полностью, некоторые частично, над большинством сверху надписаны темы, а также «Замечания к собранию писем старца Макария (Иванова)» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В ходе работы по систематизации духовного наследия Макария были составлены подробные указатели к письмам, в частности, к «Наставлению по некоторым вопросам, относящимся до духовной жизни» [из тома 4 писем Макария (Иванова), издано в 1863 г. (Российская государственная библиотека)]. Обширный тематический перечень содержится в «Указателе к наставлениям старцев Льва и Макария» в двух частях (Российская государственная библиотека). Темы писем обозначены на каталожных карточках, основные разделы выделены фиолетовым карандашом, расположены по алфавитному принципу и имеют отсылку к номеру письма. Подробная тематическая роспись содержится в «Указателе к наставлениям старцев» в двух частях, который называется «Азбука монашеская» (Российская государственная библиотека). На каждом листе в алфавитном порядке указаны темы писем, ниже приведены краткие цитаты из писем с отсылкой к шеститомному собранию писем. В 1993–1994 гг. были переизданы первый – третий тома шеститомного собрания писем. В 1997 г. опубликованы «Душеполезные поучения преподобного Макария Оптинского», составленные архимандритом Иоанном (Захарченко). В 2000 г. вышел двухтомник «Душеполезные поучения преподобных оптинских старцев», в котором использованы новые рукописные источники. В 2002 г. была опубликована переписка Ивана Васильевича Киреевского со старцем. В 2003 г. подготовлена публикация «Писем великих оптинских старцев», преподобных Льва, Макария, Амвросия, Анатолия (Зерцалова). В 2010 г. в издательстве Петрозаводского университета стало выходить Собрание писем преподобного Макария, подготовленное в авторской орфографии на основе рукописных источников, с комментариями. Опубликовано три тома писем к мирским особам (2010–2014 гг., 1608 писем), два тома – к монахам (2014 г., 901 письмо). Издание продолжается. В 2013 г. в издательстве Прпвославного Свято-Тихоновского государственного университета была опубликована «Переписка Константина Зедергольма со старцем Макарием Оптинским» (1857–1859 гг.).