Иногда преподобный Лев (Наголкин) прилюдно смирял и обличал его, однако ближайшим ученикам признавался: «Отец Моисей и отец Антоний – великие люди, а Макарий – свят» (Российская государственная библиотека). После кончины преподобного Льва (Наголкина) многие его ученики перешли под руководство преподобного. Макарий проживал в корпусе скитоначальника, слева от скитских ворот; из-за косноязычия он служил мало, раз в месяц причащался в алтаре Святых Таин и при этом, по воспоминаниям современников, буквально обливался слезами. Сохранилось описание внешности подвижника: «Волосы на голове и бороде имел он недлинные и седые, бороду окладистую. Руки его отличались мягкостью и гибкостью, как и весь его стан – стройностью. Лицо белое и чистое, ничем, впрочем, с первого взгляда не поражающее и по недостатку в глазах несколько неправильное» (Российская государственная библиотека). В 1847 г., после кончины настоятеля Оптина болховского в честь Рождества Пресвятой Богородицы и Святой Троицы монастыря архимандрита преподобного Макария (Глухарёва), несмотря на ходатайство болховских граждан Макарий (Иванов) не был назначен настоятелем обители. 30 ноября 1853 г. Макарий (Иванов) был освобождён от должностей скитоначальника и братского духовника. 26 февраля 1854 г. указом Синода по старости и из-за болезней Макарий (Иванов) был исключён из штата монастыря. 1 июля того же года награждён наперсным крестом. По плану Макария в скиту была проведена роспись и вновь вызолочен иконостас Иоанно-Предтеченского храма, выстроена ограда на каменном фундаменте, в 1857 г. построены каменные святые ворота с колокольней (повешен большой колокол), новая братская трапезная; келейные корпуса, находившиеся по обе стороны от святых ворот, обложены снаружи кирпичом, оштукатурены и покрыты листовым железом. В 1860 г. колокольня и святые ворота были расписаны (Макарий занимался подбором изображений), а на восточной стороне скита заложен каменный фундамент для нового братского корпуса с кельями и мезонином для размещения скитской библиотеки. Благодаря авторитету Макария и по ходатайству митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова) было принято определение Синода от 9 февраля 1857 г. об увеличении штата пустыни. Макарий некоторое время возглавлял переводческую и издательскую деятельность в Оптиной пустыни. В обители были собраны списки переводов преподобного Паисия (Величковского), сверены с греческими оригиналами и изданы с комментариями и пояснениями. Ближайшими помощниками Макария в этой работе были преподобный Амвросий (Гренков), преподобный Леонид (Кавелин), иеромонахи Иувеналий (Половцев) и Климент (Зедергольм), а также Иван Васильевич Киреевский, Степан Петрович Шевырёв, Михаил Петрович Погодин, Михаил Александрович Максимович, Виктор Ипатьевич Аскоченский. Митрополит Филарет (Дроздов) принимал непосредственное участие в издании книг. Были подготовлены фундаментальные святоотеческие переводы, причём часть из них была издана в славянской и русской редакциях.