К главным должностным лицам Ордена относились: великий прецептор (заместитель магистра), тезаурарий (казначей), маршал (военачальник), госпитальер (администратор госпиталя), драперий (распределитель одежд), туркопольер (начальник легковооружённых вспомогательных воинов-туркополов) и приор (руководитель братьев-священников). Владениями Ордена святого Иоанна на Востоке управляли коммендаторы (commendator) и кастеляны (castellanus) – администраторы замков. Территориально-административными единицами являлись прецептории, или командории (лат. «preceptoria», франц. «commanderie»). В Иерусалимском королевстве находились прецептории Эммаус и Вифания близ Иерусалима, Спина на морском берегу между Кесарией и Яффой, Тивериада в Галилее, Акра и Тир на севере. Кастеляны управляли замками Бет-Гиблин, Бельмон и Бельвуар. В графстве Триполи находились прецептория Мон-Пелерен (Сен-Жиль) и кастелянство Крак-де-Шевалье; в Антиохийском княжестве – прецептории Латакия и Габала и кастелянство Маргата. До 1187 г. в Западной Европе возникли 17 приоратов – территориально-административных единиц Ордена во главе с администраторами-приорами (исследователи простят не путать с приором, который был главой братьев-священников), руководившими территориальными комплексами, госпиталями, церквами и другими владениями Ордена. Главной задачей членов Ордена, находившихся в европейских владениях, были организация паломничеств, сбор и распределение денег и необходимых материалов, переселение новых братьев Ордена на Восток. Доставка паломников к святым местам была одной из важных статей дохода Ордена. Треть доходов (а в случае острой необходимости и половину) приораты направляли на Святую землю (так называемые респонсии – responsiones). В Европе в этот период действовали следующие приораты Ордена святого Иоанна: во Франции – Сен-Жиль и Франкия, в Италии – Барлетта, Мессина, Венеция, Ломбардия, Пиза и Рим, на Пиренейском полуострове – Ампоста, Наварра, Кастилия-Леон и Португалия, а также Англия, Аламания, Богемия, Венгрия и Константинополь.