Организация и иерархия Ордена святого Иоанна оформились к последней трети XII в. Вместе с завершением процесса милитаризации руководящая роль отошла к братьям-рыцарям (milites, fratres armorum) – мирянам, приносившим перед вступлением в Орден три монашеских обета: бедности (нестяжания), послушания и целомудрия. Братья-священники (sacerdotes) отвечали за пастырскую, душепопечительскую и госпитальную деятельность Ордена. В Ордене были служащие братья (сержанты – servientes armorum, servientes officii) и сёстры (sorores), а также связанные с Орденом донаты («donati», «donatae» – букв. «отданные Ордену») и собратья/сосёстры (confratres, consorores). Сержанты могли участвовать в боевых действиях в качестве легковооружённой кавалерии или пехоты либо занимались хозяйственной или госпитальной деятельностью. Сёстры Ордена жили отдельными общинами, как правило, в европейских отделениях Ордена – от Испании до Богемии. Сёстры проводили время в молитвах, занимались хозяйственной деятельностью. Донатами могли быть мужчины и женщины или супружеские пары, приносившие магистру обет послушания и принимавшиеся на службу в зависимости от нужд Ордена. Донаты давали обещание впоследствии вступить в Орден и не являлись его полноправными членами (выбор времени принесения обетов оставался за самими донатами). К категории собратьев/сосестёр относились миряне, не вступавшие в Орден, но жертвовавшие на нужды организации значительные суммы либо собственность; они имели право на душепастырство и опеку в старости. Братья-рыцари и братья-сержанты Ордена в качестве отличительных знаков надевали во время битвы красные плащи-сюрко с белым крестом; в повседневной жизни все члены Ордена носили чёрные плащи с белым крестом. Главой Ордена был магистр, избираемый особой комиссией на пожизненный срок. Руководство Орденом осуществлялось коллегиально: все важные решения принимались магистром после совещания с высокопоставленными братьями Ордена и в соответствии с постановлениями генерального капитула – регулярного собрания старших должностных лиц и представителей орденских провинций.