Следующим после Герарда известным магистром Ордена был Раймон дю Пюи (1120 – 1158/1160 гг.; некоторые исследователи предполагают наличие ещё одного магистра, имя которого неизвестно). В течение его долгого правления определился характер возглавляемой им организации: именно при этом магистре начался процесс милитаризации Ордена. Примерно в середине XII в. был построен новый, значительно расширенный госпиталь в Иерусалиме. В огромном зале со 124 мраморными колоннами можно было принимать до 2 тыс. человек. Например, в 1177 г. туда были доставлены 750 раненых в битве при Монжизаре. Паломников и больных обслуживали четыре врача и около 150 помощников. Согласно описаниям паломников, в госпитале принимали всех пациентов вне зависимости от пола, религии и происхождения за исключением прокажённых, которых полностью изолировали от общества. Мужчины и женщины были отделены друг от друга, предусматривалась также палата для рожениц. Медики Ордена святого Иоанна проверяли состояние больных два раза в день. У пациентов были отдельные кровати, постельные принадлежности меняли каждые двве недели. Для младенцев и детей постарше были предусмотрены специальные кроватки. Дважды в неделю цирюльники мыли ноги больным горячей водой и высушивали полотенцами. Помимо этого госпиталь святого Иоанна принимал бездомных нищих и сирот. По меркам Западной Европы того времени госпиталь в Иерусалиме предоставлял бесплатную квалифицированную медицинскую помощь и уступал только наиболее развитым центрам медицины в Константинополе, Багдаде и Каире. Впоследствии эта традиция была продолжена Орденом: подобные госпитали были основаны в Акре, затем в Лимасоле на Кипре, на Родосе и на Мальте. При магистре Раймоне дю Пюи (по мнению исследователей, во второй части его правления) был составлен устав Ордена, определивший нормы повседневной жизни братства. Магистр заручился поддержкой Римских пап, предоставивших ордену целый ряд привилегий буллами «Ad hoc nos disponente» (1135 г.), «Christianae fidei religio» (1137 г.), «Quam amabilis Deo» (между 1140 и 1143 гг.) и обновлённой «Christianae fidei religio» (1154 г.), в которой были подытожены все предыдущие. К середине XII в. в Западной Европе сложилась система многочисленных владений Ордена, пожалованных госпитальерам местными правителями и знатью; владения включали территориальные комплексы, церкви, деревни и отдельные строения. За время правления Раймона дю Пюи небольшой странноприимный дом в Иерусалиме превратился в могущественный интернациональный Орден с владениями, которые простирались от Испании до латинского Востока. Магистр Жильбер д'Эссайи (1162/1163 – 1169/1170 гг.), близкий друг короля Амальрика I и латинского патриарха Иерусалима Амори де Неля (1157/1158 – 1180 гг.), во многом способствовал усилению влияния Ордена. Значительные средства были выделены на выкуп у местных баронов замков и территорий в Иерусалимском королевстве и графстве Триполи.