Постоянные внешние угрозы, с которыми сталкивались крестоносцы на Святой земле, вынуждали госпитальеров брать на себя дополнительную ответственность по охране рубежей Иерусалимского королевства. В 1136 г. король Фульк (1131–1143 гг.) передал во владение Ордена святого Иоанна крепость Бет-Гиблин (ныне Бейт-Гуврин, Израиль), являвшуюся частью сети укреплённых пунктов, которые были воздвигнуты крестоносцами для изоляции Аскалона (ныне Ашкелон, Израиль), всё ещё подконтрольного египетским Айюбидам, откуда совершались нападения на христианских паломников. На данном этапе госпитальеры ещё не вели военной деятельности. Орден был администратором Бет-Гиблина, обязывался привлекать на эту территорию новых поселенцев, в то время как военные обязанности, по-видимому, были возложены на наёмников и слуг. В булле папы Римского Иннокентия II (1130–1143 гг.) «Quam amabilis Deo», составленной между 1140 и 1143 гг., среди госпитальеров упоминаются servientes – воины на службе Ордена, которые должны были охранять пути следования паломников. В 1142–1144 гг. граф Триполи Раймунд II (1137–1152 гг.) пожаловал госпитальерам на границах своего графства обширные владения с рядом укреплений, в частности, замок Крак (Крак-де-Шевалье, ныне Калъат-эль-Хусн, Сирия), превращённый Орденом в одну из мощнейших крепостей латинского Востока. Охрана рубежей Иерусалимского королевства и графства Триполи требовала от госпитальеров наличия многочисленных военных контингентов, при этом сам факт возложения такой серьёзной ответственности на Орден говорит о том, что уже к середине XII в. эта организация успешно совмещала свои госпитальные обязанности с военными. В идеологическом плане одно не противоречило другому, т.к., согласно представлениям того времени, оборона с оружием в руках беззащитных и паломников являлась прямым продолжением заботы о них в приютах и странноприимных домах. Так, в частности, в 1152 г. охарактеризовал деятельность Ордена папа Римский Евгений III (1145–1153 гг.). В 1153 г. военные контингенты Ордена были заняты в осаде и штурме Аскалона. В 1160 гг. госпитальеры приняли активное участие в египетских военных кампаниях иерусалимского короля Амальрика (Амори) I (1163–1174 гг.), при этом общий неудачный исход военных действий привёл Орден к банкротству и серьёзному внутреннему кризису. В связи с египетской катастрофой наметилось временное охлаждение орденского руководства к военным операциям. В 1178 г. папа Римский Александр III (1159–1181 гг.) призвал Орден не забывать о своих основных обязанностях по заботе о больных и нуждающихся и использовать оружие только для защиты Иерусалимского королевства. Тем не менее, процесс милитаризации госпитальеров продолжался. В 1182 г. в статутах магистра Роже де Мулена (1177–1187 гг.) впервые упоминаются «fratres armorum» – «вооружённые братья» Ордена. К началу XIII в. в Ордене святого Иоанна окончательно оформилось разделение в правовом отношении между братьями-рыцарями и братьями-сержантами.