После катастрофы при Хаттине Иерусалимское королевство и другие владения крестоносцев оказались на грани гибели: множество городов и замков вскоре пали, 2 октября 1187 г. Иерусалим был захвачен султаном. Тем не менее, госпитальеры удержали под своим контролем замки Маргат и Крак-де-Шевалье, в то время как осаждённая в июле 1187 г. крепость Бельвуар упорно сопротивлялась до января 1189 г. хорошо вооружённым войскам султана. Флот госпитальеров в 1187–1188 гг. принял активное участие в обороне Тира (ныне Сур, Ливан) и своими успешными действиями сорвал морскую блокаду города Салах-ад-Дином. Работа членов Ордена в госпиталях снискала уважение и среди мусульман: после взятия Иерусалима египетский султан разрешил десяти госпитальерам в течение года ухаживать за больными в городе. После того как на Святую землю прибыли армии третьего Крестового похода (1189–1192 гг.), Орден активно участвовал в боевых действиях, предоставив крестоносцам осадные машины для взятия Акры и выделив дополнительные войска для поддержки похода английского короля Ричарда I Львиное Сердце (1189–1199 гг.) на Иерусалим. В сентябре 1192 г. с Салах-ад-Дином было заключено перемирие сроком на три года, в результате чего Акра стала новым центром Иерусалимского королевства и Ордена госпитальеров. Поскольку правители Иерусалимского королевства на протяжении XIII в. редко посещали Святую землю, Ордены тамплиеров и госпитальеров, представлявшие собой грозную военную силу, стали одной из руководящих сил на латинском Востоке. Во время третьего Крестового похода (1228–1229 гг.) духовно-рыцарские Ордены оказали его руководителю императору Фридриху II Штауфену (1220–1250 гг.) прохладный приём, поскольку он был отлучён от церкви в 1227 г. в результате конфликта с папой Римским Григорием IX (1227–1241 гг.). В январе 1229 г. императору Фридриху II Штауфену удалось оформить десятилетнее перемирие с египетским султаном аль-Камилем (1218–1238 гг.), по условиям которого христианам были возвращены Иерусалим, Вифлеем и несколько других городов. Выжидательно-враждебное отношение госпитальеров и тамплиеров к действиям Фридриха II Штауфена привело к тому, что император конфисковал все владения обоих Орденов в Сицилийском королевстве после своего возвращения. Тем не менее, во время «Крестового похода баронов» (1239–1241 гг.) госпитальеры активно выступали за сохранение перемирия с Египтом, что отвечало политике Фридриха II Штауфена. Исследователи полагают, что к этому моменту был достигнут некий компромисс Ордена с императором. На это указывает также поддержка, которую госпитальеры оказывали Рикардо Филанджери, представителю Фридриха II Штауфена на Святой земле, во время «ломбардских войн» (1229–1243 гг.). Тем временем положение раздираемого внутренними конфликтами Иерусалимского королевства значительно ухудшилось после появления в его пределах изгнанных монголами хорезмийцев, нанятых султаном Египта. В августе 1244 г. хорезмийцы захватили и разграбили Иерусалим. Против египетско-хорезмийской армии выступили значительные силы крестоносцев, заключивших военный союз с эмирами Сирии. Франко-сирийские войска, включая 350 госпитальеров, встретились с противником при Форбии.