При Макарии ремонтировались здания Донской духовной семинарии и архиерейского дома. 26 февраля 1856 г. Макарий был награждён орденом святой Анны второй степени, 29 ноября 1857 г. – бронзовым наперсным крестом на Владимирской ленте, 22 апреля 1861 г. – орденом святой Анны второй степени, украшенным императорской короной, 25 апреля 1864 г. – орденом святого Владимира третьей степени, в 1870 г. – орденом святой Нины второй степени, 28 марта 1871 г. – орденом святой Анны первой степени, 1 апреля 1879 г. – орденом святого Владимира второй степени («за неутомимые труды по управлению вверенной епархией, в соединении с усердными трудами по описанию замечательнейших памятников христианских древностей отечества, духовному назиданию паствы поучительственным словом и личным примером, за отличное усердие к делам христианского человеколюбия и благотворения»), 15 мая 1891 г. – орденом святого князя Александра Невского (за многолетнюю деятельность по управлению епархиями и труды по описанию памятников христианских древностей). В начале 1894 г. Макарий заболел, стал слепнуть. 21 марта в епархиальной прессе было опубликовано извещение о том, что Макарий вследствие «постигшей его болезни поручил рассмотрение и утверждение дел по епархиальному управлению впредь до своего выздоровления» викарию Донской епархии епископу Аксайскому Иоанну (Митропольскому). 30 апреля того же года Макарий испросил увольнение на покой по болезни, 17 июля прибыл в Нижний Новгород, поселился в главном корпусе Благовещенской обители. После кончины Макария настоятель монастыря архимандрит Макарий с братией перенесли его тело в Алексиевскую церковь, где отслужили заупокойное всенощное бдение. На следующий день после Божественной литургии епископ Балахнинский Алексий (Опоцкий) совершил отпевание Макария, которого похоронили в склепе придела великомученика Пантелеимона монастырской Алексиевской церкви. Впоследствии могила была обнесена бронзовой позолоченной оградой, за которой установили белую мраморную плиту с высеченной эпитафией. Рядом с могилой находился киот с келейными иконами усопшего. У стены, за могилой, был размещён большой венок из фарфоровых цветов, дар от граждан Нижнего Новгорода, а к наружной стене Алексеевского храма напротив могилы была прикреплена памятная металлическая доска с фотографией архипастыря под стеклом. В 1920 гг. Алексеевский храм был закрыт, а могила преосвященного разграблена. В декабре 2005 г. храм был возвращён Нижегородской епархии. При реставрации церкви склеп, в котором был погребён Макарий, был разобран, а останки архиерея уложены в новый гроб.