«С целью развития народного образования» 4 февраля 1884 г., в день памяти великого князя Георгия (Юрия) Всеволодовича, Макарий выступил с инициативой образовать Епархиальное братство святого благоверного князя Георгия Всеволодовича. Ко времени открытия братства в епархии существовало 56 церковно-приходских школ. В год начала его деятельности количество школ увеличилось на 43, а к 1885 г. открылось ещё 35 учебных заведений. Макарий участвовал в деятельности Нижегородского братства святых Кирилла и Мефодия, созданного для помощи беднейшим воспитанникам губернской гимназии. 7 июня 1885 г. Макарий был назначен епископом Вятским и Слободским. В прощальном Слове к нижегородцам 23 июня он восклицал, что никогда не забудет Нижний Новгород, «сорок три года знакомый мною, с его живыми и почившими гражданами. Скорее забуду все другие города, в которых воспитывался и жил, нежели тебя, славный торговый град и соединённый со многими для меня воспоминаниями». Впоследствии на личные средства Макария в Нижнем Новгороде был открыт приют для девочек-сирот (1887 г.), названный в его честь Макарьевским. В 1888 г. Макарий был избран почётным членом Нижегородского братства Святого Креста. В Вятке Макарий особо заботился об улучшении образования. В январе 1886 г. распорядился завести во всех приходских храмах специальные кру́жки для сбора пожертвований в пользу церковных школ. В июне того же года епархиальный съезд духовенства распорядился выделять на обустройство школ по 2 руб. с причта в год, а там, где нет церковно-приходского попечительства, – до 100 руб. 16 августа 1886 г. в ответ на рапорт Макария Синод постановил учредить при Вятском женском училище стипендию имени преосвященного на проценты с пожертвованного Макарием капитала 1,5 тыс. руб. для поощрения наиболее талантливых воспитанниц. 26 сентября того же года Макарий пожертвовал 50 руб. на нужды Вятской духовной семинарии. Когда осенью 1887 г. Вятскую духовную семинарию охватили «бунтарские настроения», и семинаристы в ноябре собирались участвовать в антиправительственных демонстрациях, Макарий издал указ о запрещении подобных действий, в частности – отлучки учащихся из семинарии даже в свободное время под угрозой отчисления из учебного заведения. В Вятке Макарий инициировал строительство епархиального свечного завода, но завершить задуманное не успел. Часто совершал объезд епархии и за два года успел посетить даже самые отдалённые приходы. 5 декабря 1887 г. Макарий возглавил Донскую и Новочеркасскую епархию в сане архиепископа. 17 января 1888 г. прибыл в Новочеркасск. Осмотрев городские храмы, обнаружил, что ни один из них не отапливается. Архиерей издал распоряжение о том, что все новоустраиваемые храмы должны отапливаться и при каждой церкви устраиваться дома для священно- и церковнослужителей. К концу 1880 гг. деревянный кафедральный собор пребывал в крайне ветхом состоянии. 17 октября 1893 г. Макарий возглавил закладку каменного собора в Новочеркасске. 27 марта 1888 г. Макарий учредил Иоанно-Богословское общество вспомоществования нуждающимся воспитанникам Донской духовной семинарии, в 1889 г. открыл Донское епархиальное училище для дочерей священнослужителей, с октября 1894 г. размещавшееся в специально построенном трёхэтажном каменном здании с общежитием и домовой церковью. Лучшие шесть воспитанниц училища получали стипендии архиепископа.