Макарий был одним из первых служителей, откликнувшихся на призыв. Его статьи в сборниках общества получили широкую известность, благодаря чему он познакомился с ведущими российскими учёными, в том числе Измаилом Ивановичем Срезневским и Михаилом Петровичем Погодиным. В 1850 г. был удостоен звания члена-корреспондента (с 1 декабря 1892 г. – почётного члена) Императорского Русского археологического общества, члена-корреспондента Императорского общества истории и древностей Российских. 2 января 1851 г. Нижегородскую кафедру возглавил епископ Иеремия (Соловьёв), который, как и его предшественник, благосклонно отнёсся к трудам Макария. В марте того же года по благословению епископа Макарий приступил к собранию своих трудов, ранее печатавшихся в «Нижегородских губернских ведомостях», и подготовил основательное исследование «История Нижегородской иерархии, содержащая в себе сказание о нижегородских иерархах с 1672 до 1850 года». В него вошли жизнеописания архиереев Нижегородской епархии от митрополита Филарета (ум. в 1694 г.) до архиепископа Иакова (Вечеркова). Впоследствии он издал отдельное, более подробное жизнеописание Иакова (1853, 1857 гг.). Макарий стал одним из первых историков Нижегородской духовной семинарии, опубликовав в «Нижегородских губернских ведомостях» за 1849 г. исторический очерк о ней. Отдельными изданиями вышли «Описание Оранской Богородицкой пустыни» (1851 г.), «Сказание о жизни и чудесах преподобного Макария, Желтоводского и Унженского Чудотворца» в двух частях (1850 г.) и «Преосвященный Питирим» (1859 г.). По инициативе епископа Иеремии (Соловьёва), впоследствии поддержанной Русским археологическим обществом, Макарий объединил и дополнил свои изыскания по местным церковным древностям, опубликовав «Памятники церковных древностей: Нижегородская губерния» (СПб., 1857 г.). В издании обстоятельно описаны наиболее примечательные соборы, монастыри и храмы Нижегородской епархии, а также различные документы и надписи на церковных памятниках и утвари. В 1857 г. исследование было опубликовано в десятом томе «Западного Русского археологического общества», что свидетельствует о высокой оценке отечественными учёными этого труда. Также Макарий составил историю нижегородской Благовещенской обители, в которой принял постриг. 24 декабря 1873 г. епископ Иеремия (Соловьёв) и благовещенский архимандрит Лаврентий обратились к Макарию с просьбой предоставить рукопись в собственность обители «в молитвенную память о Вас и в честь и славу святителя Алексея – её основателя». По подсчётам краеведов, Макарий был автором больше тридцати книг и статей по церковной истории Нижегородского края и его памятникам. 31 мая 1853 г. Синод назначил Макария инспектором и профессором богословского класса Пермской духовной семинарии, в том же году – временно присутствующим Пермской духовной консистории. 20 июня 1853 г. Макарий был возведён в сан игумена и по личному распоряжению Московского митрополита Филарета (Дроздова) назначен членом Синодального комитета, образованного для составления охранных описей церковных древностей монастырей и храмов Российской империи.