16 мая 1889 г. был утверждён Устав Нижегородской епархиальной церковно-археологической комиссии, составленный Аполлоном Фёдоровичем Можаровским (проект был дополнен Модестом). В уставе было намечено «всестороннее изучение прошедшей жизни местной церкви, начиная от первого появления Христианства в пределах Низовской земли и до близкого к нам времени во всех её проявлениях». Члены комиссии составляли описания монастырей и храмов, собирали археологические и церковно-исторические памятники, сотрудничали с редакцией «Нижегородских епархиальных ведомостей», создавали фонд фото- и литографий древностей Нижегородского края. Большое внимание Модест уделял церковным школам и просвещению паствы, во время поездок по епархии нередко сам испытывал учеников приходских школ в чтении церковнославянских текстов и знании молитв, побуждал организовывать школы церковных хоров. Ввиду недостатка хорошо подготовленных учителей учредил в Нижнем Новгороде церковно-учительскую школу, первую в России, которая готовила помощников для псаломщиков и диаконов, способных быть и учителями в церковноприходских школах. Составленный Модестом проект правил и программы обучения, рассчитанного на два года, 13 ноября 1886 г. был утверждён Синодом. 14 апреля 1888 г. состоялась закладка отдельного здания школы, на строительство которого архиерей передал 1 тыс. руб. Однако после перевода Модеста на Волынь школа была закрыта из-за недостатка средств. Вскоре такие школы стали открываться в других городах, в 1902 г. вышло специальное положение о них. Чаще всего Модест совершал богослужения в нижегородском кафедральном соборе, в Крестовой церкви архиерейского дома. 22 августа 1885 г. в Преображенском (Староярмарочном) соборе Модест встречал великого князя Владимира Александровича и великую княгиню Марию Павловну, 25 июня 1887 г. – великих князей Михаила Николаевича и Сергея Михайловича. Во время Макарьевских ярмарок Модест произносил поучения о значении купеческого сословия. В мае 1887 г. Модест принимал у себя Сербского митрополита Михаила (Йовановича), которого знал со времён обучения в Киевской духовной академии. 5 июня 1887 г. в присутствии обер-прокурора Владимира Карловича Саблера освятил храм во имя архангела Михаила над святыми вратами в Макариевом Желтоводском во имя Святой Троицы монастыре. 15 июля 1888 г. в Нижнем Новгороде прошли торжества в память 900-летия Крещения Руси. Сам Модест находился в эти дни в Киеве во главе депутации от Нижнего Новгорода. 25 ноября 1889 г. Модест был назначен епископом Волынским и Житомирским, священноархимандритом Почаевской в честь Успения Пресвятой Богородицы лавры. Указ о переводе Модест получил 2 декабря и 7 декабря того же года покинул Нижний Новгород.