Деятельным участником этих событий был Модест, который вошёл в виленское православное Свято-Духовское братство, возобновлённое в 1865 г. митрополитом Иосифом (Семашко) для укрепления православия в Северо-Западном крае после подавления в 1864 г. польского восстания. Речи Модеста при закладке и освящении храмов публиковались в «Литовских епархиальных ведомостях». В Вильне Модест начал писать исследование по истории супрасльского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыря, которое печаталось в «Литовских епархиальных ведомостях» (1864–1866 гг.) и «Вестнике Западной России» (1867 г.). За пожертвование книги «О церковном Октоихе» в церкви и обители Литовской епархии 6 октября 1865 г. Модесту было объявлено благословение митрополита Иосифа (Семашко). Но служение в Литовском крае сильно подорвало здоровье архимандрита. 12 октября 1866 г. согласно своему прошению Модест был перемещён в Чернигов инспектором Духовной семинарии. Ректором семинарии в 1861–1868 гг. служил его сокурсник по Киевской духовной академии архимандрит Евгений (Шерешилов). Пребывание в Черниговской духовной семинарии пришлось на время преобразования семинарии по уставу 1867 г. В июне 1868 г. Модест был назначен ректором Иркутской духовной семинарии, с 11 сентября был членом Духовной консистории и цензором проповедей, произносимых в кафедральном соборе. С 16 июля 1870 г. был цензором и с 1 января 1871 г. – редактором «Иркутских епархиальных ведомостей». По пути в Иркутск в Москве Модест встречался с Московским митрополитом Иннокентием (Вениаминовым) и хотел просить о перемещении в другое место, «но потом предался воле Божией». Иркутская семинария (в ней обучалось 154 ученика) при Модесте готовилась к переходу на новый устав. Впоследствии Модест с благодарностью вспоминал о помощи Иркутского  архиепископа Парфения (Попова). «Тогда ещё не было полного преобразования семинарии. Мы, все, тогда служащие, изучали смысл устава, встречали недоумения, местные вопросы и затруднения. Преосвященнейший Парфений энергически выводил нас из подобных затруднений... Когда наступил 1871 г., назначенный для преобразования нашей семинарии, преосвященнейший Парфений сам назначил, где жить ректору, инспектору, где быть каким классам, как распределить предметы между наличными преподавателями и даже сам собственноручно написал проект полного преобразования семинарии». После кончины архиепископа Парфения Иркутскую кафедру возглавил епископ Вениамин (Благонравов), который впоследствии признавался, что в беседах с Модестом он «отводил душу». При отъезде Модеста из Иркутска в Санкт-Петербург на хиротонию архиепископ Вениамин(Благонравов) подарил Модесту архиерейскую панагию с Тихвинским образом Божьей Матери, принадлежавшую раньше митрополиту Санкт-Петербургскому, Эстляндскому и Финляндскому Антонию (Рафальскому). Много усилий «не по долгу только, но и по требованию души» приложил Модест для повышения нравственного и образовательного уровня в семинарии, добиваясь, чтобы «воспитанники не механически, а с любовью занимались науками», изыскал средства на приобретение книг в ученическую библиотеку. Фундаментальная библиотека при Модесте была пополнена современными сочинениями на русском и иностранных языках по предметам семинарского курса.