Для «внутренней религиозной реорганизации края» Модест находил полезным восстановить братства в приходах, некогда существовавшие в Западной Руси, для чего предлагал собрать мнения духовенства и составить правила. 11 июня 1881 г. Устав православных церковноприходских братств был утверждён. Тогда же вышло распоряжение епархиального начальства от 8–11 июня 1881 г. об учреждении церковных братств в воссоединённых приходах Холмско-Варшавской епархии на основании этого устава. В 1882 г. при Холмском братстве был образован церковно-археологический музей. Указом Синода от 16 июля 1882 г. были приняты «Правила об учреждении церковно-археологического музея при Холмском братстве». 8 сентября того же года состоялось открытие музея. Идея учреждения музея как хранилища памятников религиозно-национального сознания народа принадлежала Модесту, который во время частых поездок по епархии обратил внимание на небрежное отношение к рукописным, архитектурным и другим памятникам старины, что приводило к их пропаже и уничтожению. Модест указал также на необходимость сохранения архивов при церквах. По ходатайству Модеста в Синод было направлено прошение о возвращении рукописей, богослужебных и иных книг, переданных в хозяйственное управление при Синоде в 1879–1881 гг. К ноябрю 1882 г. в музей поступило 11 памятников. Тогда Модест выпустил специальное печатное воззвание о передаче в музей предметов старины; начал проводить экскурсии по музею, организовал розыски археологических и археографических памятников в Холме, к чему привлёк воспитанников духовного училища, помещавшегося в архиерейском доме, и за каждую находку выдавал учащимся несколько копеек. Преимущественное внимание Модест уделял охране церковных зданий как «внешних показателей древности православия в крае» и старался оберегать от переделок и искажений, объяснял их историческое и церковно-религиозное значение. С 17 апреля по 7 мая 1882 г. вместе с профессором К.П. Самоквасовым Модест осматривал храмы Седлецкой губернии, посетил около 50 приходов и обнаружил при этом, что «при починке» древних церквей недопустимо меняется их первоначальный вид. Об этом он донёс архиепископу Леонтию(Лебединскому), а тот генерал-губернатору с просьбой рекомендовать архитекторам, наблюдающим за церковными постройками, «воздерживаться от уничтожения памятников церковной старины». При обозрении епархии Модест вёл записные книжки. По предложению Модеста определением архиепископа Леонтия (Лебединского) от 29 января – 8 февраля 1882 г. настоятелям воссоединённых с православной церковью приходов было предложено завести церковноприходские летописи по специальной программе. За основу была принята программа, опубликованная в «Харьковских епархиальных ведомостях» (1880 г., №14). Летописи состояли из двух частей: исторической и «современной/повременной». Весной 1882 г. Модест внёс предложение в Духовную консисторию об изыскании средств для строительства новых храмов, указав на два основных источника: устройство приходских пасек (пчельников) в церковных лесах или священнических садах; сохранение и развитие коляд (концертов) – пение духовных гимнов по домам прихожан в дни Рождества Христова, Богоявления, храмовых праздников и издание лучших религиозных гимнов под прежним названием «Богогласник».