В области учения о спасении Марий Меркатор рассматривал комплекс вопросов, связанных с концепцией первородного греха, которая была смысловым центром полемики между Августином Блаженным и епископом Юлианом. Сотериологические представления Августина Блаженного, которые развивались вне контекста этой полемики, не были, как полагают исследователи, известны Марию Меркатору; так, он вообще не упоминает о центральной для позднего богословия Августина Блаженного теме предопределения. Общее августиновское представление о первородном грехе Марий Меркатор излагал, отвечая на выдвинутое епископом Юлианом обвинение в том, что Августин Блаженный и его последователи учат о наличии у всякого человека «природного греха» («naturale peccatum»). Согласно Марию Меркатору, наиболее правильным является выражение «родовой грех» («peccatum originale»), поскольку грех не есть нечто природное или сама природа, но есть нечто «зарождающееся в природе» («in natura natum») и передающееся вместе с природой. Отвергая манихейское представление о субстанциальном существовании зла (см. в ст. Манихейство), Марий Меркатор подчёркивал, что грех не имеет собственной природы и всегда существует в некой природе; именно в этом смысле он может считаться чем-то природным, однако он никогда не тождествен самой природе, сотворённой Богом благой. Наиболее подробно Марий Меркатор рассматривал вопрос о значении смертности человека и о связи смерти с первородным грехом. Он решительно отвергал позицию епископа Юлиана, который, выступая против учения Августина Блаженного о том, что первородный грех переходит от Адама на всех его потомков и является причиной смертности человека, утверждал, что грех Адама стал причиной появления в мире не «естественной смерти» («mors naturalis»), а «вечной смерти» («mors perpetua», «mors aeterna»), которая была установлена Богом как наказание за грех. Епископ Юлиан полагал, что грех Адама не может передаваться его потомкам, и утверждал, что высказывания апостола Павла о том, что в Адаме согрешили или умерли все люди (см., например, Рим. 5:12), следует понимать в том смысле, что все люди по своей свободной воле повторяют грехопадение Адама, поэтому они подвергаются наказанию вечной смертью за собственные грехи, а не за грех Адама. Исходя из этого, епископ Юлиан отказывался считать правомерным августиновское представление о «первородном грехе» («peccatum originale») и учил лишь о «подражательном грехе» («peccatum imitativum»), т.е. личном грехе, совершая который, человек уподобляется Адаму. Марий Меркатор объявлял тезисы епископа Юлиана пелагианскими и отмечал, что их принятие означает ниспровержение всего христианского учения о спасении. Согласно рассуждениям Мария Меркатора, никакой «естественной смерти» не существует; всеобщая смерть есть следствие первородного греха и по своей природе тождественна вечной смерти для всех, кто не получили избавления от греха и смерти через Христа. Поскольку грех Адама перешёл на всех людей, и все люди стали смертными, все они нуждаются в спасении. Традиционный аргумент пелагиан, отмечавших, что Августину Блаженному и его сторонникам придётся признать Бога несправедливым, т.к. Он допускает, чтобы невинные младенцы, не совершившие личных грехов, подлежали вечной погибели из-за первородного греха, Марий Меркатор перестраивал так, что он оказывался обращённым против пелагиан.