Марий Меркатор не был самостоятельным богословом и не пытался представить свои воззрения в виде полной и последовательной системы богословских положений. При обсуждении богословских вопросов он руководствовался желанием защитить то, что считал традиционным церковным учением, от искажений и новшеств, которые пытались внести пелагиане и несториане. Полемической направленностью рассуждений Мария Меркатора исследователи объясняют их тематической узостью: все они связаны с актуальными для первой половины V в. вопросами христологии и сотериологии. Марий Меркатор не выходил за рамки той проблематики, которая задавалась избранными им для критического рассмотрения текстами оппонентов, и не стремился выявить богословские основания объявляемых им еретическими мнений или поместить их в более широкий вероучительный контекст. Определённую оригинальность он проявил лишь в антипелагианской полемике, при обсуждении сотериологической проблематики. Однако и в этой области все богословские основания были заимствованы им у Августина Блаженного; Марий Меркатор лишь подбирал новые аргументы и цитаты из Священного Писания для защиты ранее уже представленных и раскрытых в августиновском богословии общих положений. Христологические рассуждения Мария Меркатора исследователи считают ещё менее содержательными и самостоятельными; в богословском отношении они являются попыткой предельно точного пересказа в латинских понятиях христологии Кирилла Александрийского. Разногласие у исследователей вызывал вопрос о том, почему Марий Меркатор, который был в области сотериологии ревностным последователем Августина Блаженного, в христологических спорах встал на сторону Кирилла Александрийского. Христологические взгляды Августина Блаженного при всём их своеобразии ближе к антиохийской, а не к александрийской христологии, вследствие чего Марий Меркатор, если бы он следовал в христологии Августину Блаженному, столкнулся бы с серьёзными сложностями при попытках совместить учения Августина Блаженного и Кирилла Александрийского. Однако Марий Меркатор не занимался богословским синтезом; более того, его сочинения не дают исследователям оснований считать, что он вообще был хорошо знаком с христологическими воззрениями Августина Блаженного. Таким образом, занятую им позицию исследователи объясняют не тем, что его привела к ней августиновская христология, а тем, что до знакомства с христологией Кирилла Александрийского он вообще не имел развитых христологических убеждений.