Корректное толкование евангельских слов Марий Меркатор почти дословно заимствовал из рассуждений Кирилла Александрийского: «Сын Божий и Бог Слово стал Человеком, Которым не был, не отложив того, чем Он был, то есть оставаясь Богом, [единым] в субстанции, или природе, божества с Отцом и Святым Духом». Объясняя способ соединения божественной и человеческой природ, Марий Меркатор использовал так называемую антропологическую аналогию, неоднократно встречающуюся в сочинениях Кирилла Александрийского и наиболее подробно развитую в послании «К монахам Египта». Согласно Марию Меркатору, душа и тело человека – это две различные природы, обладающие разными свойствами. Когда душа соединяется с телом, она «не лишается бессмертия своей природы», но сохраняет свои свойства в образованной соединением души и тела человеческой природе. Точно так же Логос, соединяясь с человеческой природой, не утрачивает свойств божественной природы, которые становятся свойствами образовавшейся в результате соединения богочеловеческой природы. Таким образом, следуя Кириллу Александрийскому, Марий Меркатор считал, что при соединении природ образуется новая единая природа, однако вступающие в соединение природы при этом не смешиваются: «Слово Божие, Бог-Человек («deus homo») и Человек-Бог («homo deus»), Иисус Христос, единородный Сын Отца во плоти («in carne») явился на земле и в ней («in ipsa») видимым образом жил среди людей, в ней пострадал от людей, в ней был распят, в ней умер, с ней воскрес в третий день... Это полная и совершенная («solida et perfecta») природа есть Сын Божий из Бога Слова и Человека с разумной душой и плотью, так что эти три субстанции суть уже одна Субстанция и одно Лицо». Выражение «единая природа» («una natura») для Мария Меркатора в сфере антропологии и христологии было полностью тождественно выражениям «одна субстанция» и «одно лицо» («una natura est et una substantia unaque persona»). Подобную неаккуратность в отношении терминологии исследователи считают следствием недостаточно строгого разведения понятий «природа» и «ипостась» в богословских рассуждениях Кирилла Александрийского, на которые ориентировался Марий Меркатор. Однако, как и Кирилл Александрийский, Марий Меркатор руководствовался не тем представлением о единой природе, которое впоследствии отстаивали радикальные монофизиты. Исследователи отмечают, что характерные для монофизитства представления о полном слиянии природ и о поглощении человеческой природы божественной были чужды Марию Меркатору, который учил не об одной простой божественной природе, но о единой сложной богочеловеческой природе воплотившегося Логоса, тем самым понимая под «единой природой», составляемой из двух природ, реальную Ипостась и Лицо – «единого Господа Иисуса Христа» («unus dominus Iesus Christus»).