В переводах Марий Меркатор стремился к буквальной точности; он по возможности сохранял строение фраз и понятийные связи переводимых текстов; лишь в случае необходимости давал расширенный интерпретирующий перевод, в рамках которого в конструкцию оригинала могли вводиться дополнительные слова и выражения с целью прояснения её смысла. За исключением приписываемого епископу Феодору Мопсуестийскому Символа веры, все прочие переведённые Марием Меркатором тексты принадлежат Кириллу Александрийскому и Несторию. Марий Меркатор перевёл три письма Кирилла Александрийского: первое письмо Несторию, датируемое серединой 429 г.; второе письмо Несторию, датируемое 430 г.; письмо александрийским представителям в Константинополе, датируемое началом 430 г. По мнению исследователей, переводы Мария Меркатора не представляют существенного интереса в качестве источника, т.к. эти письма сохранились в греческом оригинале. Внимание исследователей привлекло лишь разночтение греческого оригинала и латинского перевода заключительного раздела письма александрийским представителям: в греческой версии Кирилл Александрийский высказывает намерение различными церковными и политическими средствами бороться с Несторием до тех пор, пока тот не отречётся от своих еретических мнений (в латинской версии Кирилл Александрийский высказывается гораздо более мягко, подчёркивая собственную готовность примириться с Несторием, как только тот исповедует истинную православную веру). По мнению Э. Шварца, второе окончание письма является неподлинным; поскольку у исследователей нет оснований считать, что Марий Меркатор был автором этой фальсификации, Э. Шварц предположил, что он получил от сторонников Кирилла Александрийского в Константинополе уже измененный греческий текст. Однако исследователи не исключают и того, что по неизвестным причинам подлинное окончание другого несохранившегося письма Кирилла Александрийского оказалось в греческом списке с оригинала на месте окончания письма александрийским представителям (оно и было переведено Марием Меркатором). Марий Меркатор также перевёл составленную Кириллом Александрийским подборку цитат из сочинений Нестория (некоторые цитаты сопровождаются краткими критическими замечаниями Кирилла Александрийского, поясняющего, почему те или иные формулировки Нестория являются еретическими). Встречающееся в литературе утверждение, что эта подборка цитат тождественна подборке, посланной Кириллом Александрийским в Рим епископу Целестину I (422–432 гг.), исследователи считают неточным. Кирилл Александрийский утверждает, что латинский перевод отправленной им в Рим подборки был подготовлен в Александрии, поэтому этот перевод не может быть тождествен переводу, сделанному Марием Меркатором.