Благосклонное отношение несториан к пелагианам настроило Мария Меркатора против несториан; присоединившись к партии противников несторианства, он стал отстаивать антинесторианскую христологию в том виде, в каком она была представлена в полемических сочинениях Кирилла Александрийского. Таким образом, у исследователей нет оснований говорить о том, что Марий Меркатор осуществил некий синтез восточной и западной христологических систем; он лишь выразил на латинском языке безоговорочно принятую им александрийскую христологию. Следуя Кириллу Александрийского, Марий Меркатор упрекал несториан в том, что они не исповедуют истинного природного Воплощения Логоса, но учат только о благодатном соединении божественной и человеческой природ. Несторианскую позицию Марий Меркатор формулировал следующим образом: «Христос, рождённый от Девы действием Святого Духа был связан со Словом Божьим и с Богом, так что от этой общности с Богом Он приобрёл достоинство и именование, однако только по именованию, а не по природе Он есть Сын Божий, как и все прочие достоинства принадлежат Ему не по рождению, а по благодати». Отвергая допустимость отнесения одних свойств Христа к Его божественной природе, а других – к человеческой, Марий Меркатор настаивал, что в этом случае каждая природа будет обладать собственным бытием, так что окажется, что существуют «два сына»: один вечный, т.е. Логос, а другой – начинающий бытие во времени, т.е. человек Иисус. Сторонники Нестория заявляли, что они не вводят учение о «двух сынах» и требуют лишь, чтобы свойства двух природ, существовавших до Воплощения, божественной и человеческой, не смешивались и после Воплощения, т.е. чтобы Логос, Сын Божий и истинный Бог, не именовался родившимся на земле от Девы, пострадавшим, умершим и т.п. Сторонники александрийской христологии не принимали это объяснение, настаивая на том, что после Воплощения недопустимо разделять сообразно двум природам свойства и достоинства единого Лица, т.е. Иисуса Христа, но необходимо относить всё, говоримое о Христе, к единому Лицу и к единой природе воплотившегося Логоса. Как и Кирилл Александрийский, Марий Меркатор в качестве фундаментального антинесторианского текста цитировал место из пролога Евангелия от Иоанна: «Слово стало плотию, и обитало с нами» (Ин. 1:14). Марий Меркатор подчёркивал, что это евангельское изречение нельзя понимать в буквальном смысле и полагать, что Слово превратилось в плоть, т.е. в человека, став чем-то отличным от Бога. Однако недопустимо понимать его и в несторианском смысле, т.е. думать, что Слово лишь неким образом «вселилось» в человека, что после Воплощения сохраняется различие между «Обитающим» («habitator»), т.е. Логосом, и «обителью» («habitaculum»), т.е. человеком Иисусом.