Исследователи подчёркивают, что это различение лежит в основе его богословия и неоднократно им отстаивается. Далее Леонтий Иерусалимский утверждает единственность «Я» Христа, которое едино для Его божественной природы и для Его человеческой природы – души и тела. Так, в толковании на Ин. 2:19 («Разрушьте храм сей, и Я в три дня воздвигну его») Леонтий Иерусалимский говорит: «Одно и то же Лицо, Которое обозначается местоимением «Я», заключает в Себе и разрушаемое тело, и душу, которая говорит через тело, и Бога, воскрешающего разрушенное». Этим единым Лицом Христа является Ипостась Логоса: «Одно есть Лицо Христа», т.е. «единое Лицо Слова». Согласно Леонтию Иерусалимскому, человечество во Христе «не обладает, как у нас, собственной человеческой ипостасью, отличающей Его от любой подобной или неподобной природы, но общей и неделимой Ипостасью Слова как для собственной Его [человеческой], так и для превосходящей её [божественной] природы». «Мы говорим, – разъясняет Леонтий Иерусалимский, – что человечество Спасителя не существовало в собственной ипостаси, но с самого начала существует в Ипостаси Логоса». Наша природа во Христе не имеет особого от Бога Слова лица, но именно Бог Слово наделил её лицом. Под понятием «особенной природы», которое Леонтий Иерусалимский прилагает к человечеству Христа, он понимает «особенное» не в смысле отдельной ипостаси, не потому, что она отделена или отсечена от других людей, но потому, что она «собственная» (слово «собственная» может иметь значение как «особенная», так и «собственная») для Ипостаси Логоса. Наибольшей проблемой в споре с несторианами, по мнению Грилльмайера, было определение Василием Великим и последующими богословами ипостаси как сущности с присущими ей особенностями, или как общего вместе с особенным. Исследователи подчёркивают, что особенности человеческая общая сущность (или природа) в Ипостаси Логоса, по Леонтию Иерусалимскому, безусловно, имела (Иисус Христос обладал не только природными особенностями человека, но и личными человеческими чертами, которыми отличался от других людей). Леонтий Иерусалимский подчёркивал это в полемике с монофизитами, в частности, вводя специальное понятие об «особенной природе», «в которой», наряду с божественной, Христос, и употребляя выражение «Господень человек», обозначающее эту природу с её особенностями. В VI–VII вв. такое выражение не использовалось богословами-халкидонитами, как звучащее слишком по-несториански, будто бы во Христе помимо Логоса есть ещё какая-то ипостась человеческой природы. Леонтий Иерусалимский не боится таких подозрений, поскольку именно ему принадлежит наиболее ясное среди авторов этого периода учение, объясняющее, каким образом человеческая «природа с особенностями» не становится во Христе отдельной ипостасью.